Arvin Sloanen se preocupa por una llamada que ha recibido hasta tal punto que ordena a Jack que se encargue del tema y el envía a que Marcus R. Dixon (Carl Lumbly) la investigue. Mientras Syd le cuenta que la caja de música esta en manos de Sark (David Anders) pero que no podrá utilizarla porque ha sido destruida, aunque más tarde los restos son recuperados en un refugio de Sark junto con un hombre, Claus Richter (Jim Hanna), en muy mal estado por una suero inyectado por el propio Sark. Se trata de un hombre que trabaja para la madre de Syd, Irina, y que fue el encargado de esconder la Biblia que Irina había conseguido en Barcelona; pero existe un mapa para recuperarla. Sydney tras ser rescatada del hielo y ya en las oficinas del SD-6 recibe la misión de viajar hasta Moscú para recuperar el mapa que está escondido en una biblioteca militar. El mapa revela que la Biblia está en Madagascar

Irina ha comunicado que el edificio a asaltar esta limpio, sin explosivos ni sistemas antiintrusos pero Jack no se fía de su exmujer. Syney es enviada a Madagascar a recuperar la Biblia junto con Vaughn mientras Jack se ocupa de la tapadera de Syd. Pero Syd encuentra explosivos, que habían sido puestos por orden de su padre y cree que su madre le ha mentido. Sydney testifica ante un tribunal de la CIA donde ha de contar lo que ocurrió en Madagascar, explicando que su madre la había engañado para que ella cayera en una trampa y sólo gracias a su padre pudo salvar la vida. Ambos se reconcilian. En Viena, el contacto austriaco del SD-6 muere tras haberles informado del desarrollo de varias armas de nueva generación por parte de un grupo de élite. Sydney viaja a Hungría con la misión de fotografiar las armas escondidas en una oficina en Budapest. Allí descubre que las armas son niños a quienes están adiestrando militarmente.