Tras la destrucción provocada por las continuas incursiones extraterrestres de los Duplo, Ladriburgo se ha convertido en una triste, caótica y dura ciudad propia de un paisaje posapocalíptico. Emmet, Lucy, Batman y sus amigos tendrán que combatir a los alienígenas y salvar la ciudad antes de que sea demasiado tarde.

En 1996, Los Trolls son pequeñas criaturas que viven en un estado casi perpetuo de felicidad, cantando, bailando y abrazándose todo el día. Sin embargo, son descubiertos por los Bergens, grandes criaturas miserables que solo pueden sentir felicidad después de comerse a un Troll. Los Bergens encarcelan a los trolls y los comen cada año en una ocasión especial llamada Trollstice. Los Trolls, liderados por su rey, el Rey Peppy, con su hija bebé, la Princesa Poppy, escapan a través de túneles subterráneos el día de Trollstice, cuando el Príncipe Gristle Jr. iba a comerse su primer Troll. Enfurecido, el padre de Gristle Jr., el Rey Gristle Sr., destierra a la Chef, quien estaba a cargo de preparar para el Trollstice.

Instalado en su vida matrimonial y totalmente domesticado, Shrek empieza a extrañar los días en los que él se sentía como un verdadero ogro. Engañado para firmar un contrato con el tortuoso Rumpelstiltskin, él se encuentra a sí mismo en una versión alterna de Muy Muy Lejano, donde los ogros son cazados, Rumpelstiltskin manda, y él y Fiona nunca se conocieron. Shrek debe hallar la forma de cancelar el contrato para restaurar su mundo y reclamar su amor verdadero.