En la década de 1890, el inspector de policía William Murdoch utiliza técnicas forenses radicales para la época, incluidas las pruebas de huellas dactilares y de detección, y con este enfoque más científico puede resolver los casos de homicidio más resonantes de la ciudad.

La historia comienza en el año 1557 cuando Mary, Reina de Escocia, tiene que partir del convento en el que vivía hacia Francia, para contraer matrimonio con el Príncipe Francis II de Francia y así sellar una alianza entre los dos países y poder combatir a Inglaterra, que amenaza con invadir Escocia. Al llegar a Francia, Mary se reencuentra con sus mejores amigas: Greer, Lola, Kenna y Aylee, quienes también son sus damas de compañía. Mary tendrá que enfrentarse a las enemistades, intrigas y traiciones que rigen la vida en la corte francesa.

Covert Affairs se enfoca en una joven estudiante de la CIA, Annie Walker (Perabo), que misteriosamente es llamada a las oficinas centrales para trabajar como una operativa de campo. Walker se unió a la CIA mientras todavía se recuperaba de una relación con un misterioso ex-novio que parece ser de interés particular para sus nuevos jefes. Ella promete nunca dejarse herir nuevamente, pero eso parece ser un deseo demasiado complicado. Junto a Perabo, la serie presenta a Christopher Gorham como Auggie Anderson, un agente de inteligencia de la CIA que fue cegado durante una misión y es el guía de Annie dentro de este mundo de burocracia e intriga. La serie presenta un gran reparto secundario que incluye a Peter Gallagher (The OC), Kari Matchett (Leverage) y Anne Dudek (House).

Un avión Boeing 777 aterriza en el Aeropuerto Internacional JFK en Nueva York procedente de Berlín. Se detiene inerte en la pista de aterrizaje y su interior está lleno de cadáveres pálidos. Un extraño ataúd lleno de tierra es hallado en el departamento de equipaje. Así se produce la llegada de Jusef Sardu, un vampiro conocido como "El Amo" (Robert Maillet). El Dr. Goodweather (Corey Stoll), del CDC (Centro de Control de Enfermedades), investiga lo que a primera vista parece ser un virus que causó la muerte de los pasajeros del avión. A medida que su investigación continúa, Goodweather contacta con Abraham Setrakian (David Bradley), un viejo prestamista que parece saber mucho sobre este "virus" y que insinúa que podría tratarse de una plaga de vampiros.

El vuelo 716, un avión con 250 pasajeros, desaparece sin dejar rastro sobre el océano Atlántico. Kendra Malley, una investigadora especializada en este tipo de sucesos, recibe el encargo de investigar lo ocurrido.