Con un nuevo comandante del SGC llega un nuevo líder de SG-1, el Teniente Coronel Cameron Mitchell, un ex piloto de combate que voló un F-302 en la batalla sobre la Antártida. Sin embargo, se desanima por el hecho de que todos los demás miembros de SG-1 se van a otras empresas: Teal'c para gestionar la Nación Jaffa, Carter a la Área 51 para investigación y desarrollo alienígena, y el Dr. Jackson a Atlantis como experto en los Antiguos. Mitchell se esfuerza por retener a los miembros de SG-1 para sí mismo, pero cada vez es más difícil convencerlos.

Al encontrar los terrenos de prueba de Merlín, el Dr. Jackson, Teal'c, el Coronel Mitchell y Vala descubren el tesoro oculto, que incluye un libro que cuenta la historia de los Antiguos llegando a la Tierra desde otra galaxia y un extraño dispositivo alienígena.

Un Prior de los Ori ha establecido un campo de fuerza en constante crecimiento en un planeta controlado por los Jaffa llamado Kalana. Un Goa'uld menor llamado Nerus, quien diseñó las múltiples conexiones de la Puerta necesarias para derrotar a los Replicantes, llega al SGC con información sobre el evento y ofrece su ayuda.

Following the death of a Jaffa on Earth and the disappearance of a prominent businessman, SG-1 starts an investigation into what remains of the Trust and into the actions of the Jaffa Nation. They discover that Ba'al is hiding on Earth after losing his forces to the Jaffa and that the Jaffa are secretly attempting his capture.

Un contacto dentro del Protectorado Rand llega a la Tierra con noticias de que los Ori le han entregado a su pueblo un superarma para usar contra la Federación Caledoniana a cambio de su conversión a Origin. SG-1 planea alejar a la gente de su nueva religión y destruir la superarma.

While investigating the source of an addictive corn-like crop, SG-1 becomes involved in a firefight. They are forced to fall back to the gate, but as Daniel is dialing both the Stargate and the DHD are beamed away.

Basado en la información que Vala les dio, SG-1 viaja al planeta donde Merlin podría haber escondido su arma secreta para derrotar a los seres ascendidos. Allí encuentran un pueblo adecuadamente medieval y descubren que Merlin tenía una biblioteca allí. Los lugareños nunca han entrado debido a una maldición sobre cualquiera que se atreva a entrar, pero SG-1 encuentra una manera de entrar. Una vez dentro, encuentran una cámara secreta que podría revelar la ubicación del arma. Mientras tanto, el SGC ha localizado la Supergate de los Ori. El intento de Sam de tomar el control llega demasiado tarde, y cuatro naves Ori se abren camino. En la batalla resultante, gran parte de la flota de la Tierra es destruida, y el futuro de varios miembros del SGC queda en duda.

A medida que la invasión Ori continúa, Vala y Daniel deben lidiar con su líder, la joven hija de Vala, quien es envejecida rápidamente por los Ori para servir a sus propósitos.

SG-1 queda atrapado en medio de una guerra después de que los Jaffa utilizan un arma poderosa para matar a 10.000 seguidores de Ori.

Cameron Mitchell must go undercover inside the Lucian Alliance to find the location of the hijacked Odyssey.

Stargate Command gets a video message from Vala's extremely unreliable father, Jacek, on the planet Robak; he claims to know about the late Arkad's plans to attack and blow up Earth, even about the several cloaked, Naquadah-laden cargo ships in orbit, and offers details in exchange for sanctuary. General Landry asks Dr. Lam to help him resume contact with her mother, Kim, his ex-wife. Even after the cargoes are found and blown up, Vala abhors her dad's entry. The general asks her to go easy on him, realizing that he, too, neglected his daughter because of his career, even if Jacek's neglect was just criminal. When Cam and Daniel go tell Jacek he shouldn't scam people, he tricks them into talking to Vala for him. Vala goes over just for catharsis, telling him she's through picking up the pieces of his tricks, and he certainly keeps scamming - as Daniel also finds - even with Terak, a Jaffa from an escaped cargo ship, who hopes to sell the Naquadah. When they are apprehended, Jacek promises to help track it and override the rigging of the cargo ship. The Jaffa wait for Jacek and Vala, intending to eliminate them now that Terak is gone, but SG-1 saves them. Since there never was an override, Jacek cheerfully flies away alone in the cargo ship, ignoring that his treachery was anticipated: it's a decoy.

El general Landry acompaña a SG-1 en una misión para recopilar el conocimiento de los Asgard. Sin embargo, cuando aparecen los Ori, Sam se ve obligada a evacuar a la tripulación. Landry y SG-1 se quedan a bordo, pero quedan atrapados e indefensos en un campo de dilatación temporal durante décadas.