Irina ha comunicado que el edificio a asaltar esta limpio, sin explosivos ni sistemas antiintrusos pero Jack no se fía de su exmujer. Syney es enviada a Madagascar a recuperar la Biblia junto con Vaughn mientras Jack se ocupa de la tapadera de Syd. Pero Syd encuentra explosivos, que habían sido puestos por orden de su padre y cree que su madre le ha mentido. Sydney testifica ante un tribunal de la CIA donde ha de contar lo que ocurrió en Madagascar, explicando que su madre la había engañado para que ella cayera en una trampa y sólo gracias a su padre pudo salvar la vida. Ambos se reconcilian. En Viena, el contacto austriaco del SD-6 muere tras haberles informado del desarrollo de varias armas de nueva generación por parte de un grupo de élite. Sydney viaja a Hungría con la misión de fotografiar las armas escondidas en una oficina en Budapest. Allí descubre que las armas son niños a quienes están adiestrando militarmente.

El equipo de salvamento organizado por Jack cumple a la perfección su cometido y Sydney está a salvo. Con la nueva información conseguida, Jack y Sydney viajan al lugar marcado por las coordenadas ocultas y encuentran una caja con una desagradable sorpresa. En el intento por recuperar la memoria de Sydney, Sloan advierte de la existencia de un Doctor especializado en técnicas de recuperación de memoria. Vaughn, Jack y Sydney visitan al Doctor Brezzel (David Cronenberg), el excéntrico neurólogo profesor de Yale que puede sacar a Sydney de la oscuridad de sus últimos dos años.