Alien es un organismo perfecto, una máquina de matar cuya superioridad física sólo puede competir con su agresividad. La oficial Ripley y la tripulación de la nave “Nostromo” se habían enfrentado, en el pasado, a esa monstruosa criatura. Y sólo Ripley sobrevivió a la masacre. Después de vagar por el espacio durante varios años, Ripley fue rescatada. Durante ese tiempo, el planeta de Alien ha sido colonizado. Pero, de repente, se pierde la comunicación con la colonia y, para investigar los motivos, se envía una expedición de marines espaciales, capitaneados por Ripley. Allí les esperan miles de espeluznantes criaturas. Alien se ha reproducido y esta vez la lucha es por la supervivencia de la Humanidad.

Después de su último encuentro, Ellen Ripley aterriza en Fiorina 161, una prisión de máxima seguridad. Cuando una serie de eventos extraños y mortales ocurren poco después de su llegada, Ripley se da cuenta de que ha traído consigo a un visitante no deseado.

Más de doscientos años después de su muerte, Ripley (Sigourney Weaver) vuelve a la vida gracias al empleo de técnicas avanzadas de clonación. Pero, durante el proceso, el ADN de Ripley se ha mezclado con el de la Reina Alien, por lo que Ripley empieza a desarrollar ciertas características de la peligrosa alienígena.