Comienza un nuevo año en el Instituto de Neptune para Verónica Mars. El primer dia de clase ayuda a un novato que se ha visto atacado por los P.C.H., la banda de moteros de la zona marginal de la adinerada ciudad de Neptune. Empezará a crecer una gran amistad entre este novato, Wallace, y Veronica. Este año será especial para Verónica, su mejor amiga Lilly Kane fue asesinada y el sheriff Keith Mars, su padre, acusa al padre de Lilly, Jake Kane de ser responsable del asesinato de su hija. El sr. Kane es la persona mas rica, poderosa e influyente de Neptune así que todo termina con el despido de Keith como sheriff. La vida de Verónica cambia radicalmente debido al apoyo que ofrece a su cuestionado padre, pasa de ser una de las chicas más populares del instituto a ser una marginada que compaginará sus estudios con ayudar a su padre en su nuevo trabajo como detective privado.

Aumenta la tensión entre los 09 y los PCH debido a las elecciones escolares. Veronica apoya a Wanda, una estudiante del grupo de no ricos del insituto de Neptune. Pero las elecciones parecen amañadas cuando sale vencedor Duncan Kane, exnovio de Veronica y hermano de la fallecida Lilly Kane. Por otro lado Logan se ve enfrentado a su padre debido a su mala conducta.

La vecina de arriba de Verónica mantiene lo que aparentemente parece ser una inestable relación son su novio del que Verónica empieza a sospechar cuando su embarazada vecina desaparece misteriosamente. Keith ayudará a su hija investigando este caso. Mientras tanto Logan y Weevilson castigados y empiezan a descubrir que tienen algunas cosas en común que ni se podía imaginar. Investigando el asesinato de Lilly, Verónica descubrirá una vieja relación entre su madre y Jake Kane.

Veronica se vuelve el objetivo de una sociedad secreta del Instituto Neptune que comienza a ponerla en apuros. Mientras tanto, Veronica recaba nueva informacion acerca del asesinato de Lilly al escuchar conversaciones privadas y Aaron Echols comienza a interesarse sobre la vida de su mujer.

Una alumna del instituto acusa a un profesor de abuso sexual. Los padres de la chica contratan a Keith para demostrarlo y mientras, Veronica, se propone ayudar al profesor a encontrar las pruebas que lo liberen de la acusación. Además, sigue ayudando a Logan en la búsqueda de su madre.

El director del instituto pide ayuda a Veronica para que le ayude a buscar la mascota del equipo de baloncesto del instituto. Mientras Verónica sigue investigando el caso de Lilly y los secretos de su madre

Una chica del instituto está haciendo lo posible para despistar a Verónica para que no consiga la beca de los Kane. Mientras ésta lo evita, investigará mas sobre la implicación de abel Kuntz en el asesinato de Lily.

Veronica decide investigar el extraño hecho de que se hayan producido tres simulacros de incendio en una semana, lo que se suma a la aparición de un nuevo alumno muy sospechoso. Además, Wallace y Veronica se enteran de que sus padres están saliendo.

Después de conocer realmente quién fue el asesino de su amiga Lilly, Veronica está trabajando en un restaurante, donde recibe la visita de un compañero de clase, Kevin, que le pide ayuda. Ha dado positivo en el control antidopaje a pesar de estar limpio desde hace 10 meses. Ella declina ayudarle, ya que ya no se dedica a resolver casos. Todo cambia cuando Wallace tampoco pasa el test: Veronica se mete de nuevo en el mundo de la investigación. La ciudad de Neptune está revolucionada por un nuevo suceso acaecido al principio del verano. Por otra parte, la nueva profesora de periodismo organiza una visita a un estadio de béisbol. Los alumnos, que van en autobús hasta el lugar, conocen al candidato a alcalde, Woody Goodman, y a su hija, Gia. Keith asiste a un programa de televisión donde habla de un libro que ha escrito junto a un periodista: “Gran asesinato, pequeña ciudad”. Además, Logan pasa el día en cada de los Casablancas junto a sus amigos, Dick y Cassidy, y la joven madrastra de estos, Kendall.

Veronica ayuda a Keith quien está persiguiendo a los padres de las victimas del autobus, que intentan acusar al colegio por negligencia. Mientras, Veronica se inmiscuye en una situación difícil en un local Irlandés, en su empeño de audar a logan con sus cargos de asesinato. Además, el liderazgo de weevel en su grupo de moteros quedará en entredicho

Veronica encuentra el anuario de su instituto, donde ve a su madre y se plantea si la conocía tan bien como se pensaba e investiga buscando a viejos amigos de su madre. Mientras, la hermana de Logan, Trina, hace de directora de la función de teatro del instituto y tiene algún que otro percance con Kendall.

El dinero recaudado en el carnaval de invierno del insituto desaparecen y Veronica investiga el caso, desmintiendo los rumores que culpan a Jackie. Mientras, Keith se ve con Terrence Cook ya que le han acusado de tener algo que ver en el accidente del autobús. Logan inicia una nueva relación mientras Beaver continúa con una antigua.

Veronica tiene sueños con el autobus y los estudiantes muertos del accidente, que la proporcionan muchas pistas sobre lo que pasó. Mientras, Logan y wallace son compañeros de laboratorio contra su voluntad. Keith ayuda al director del instituto en un problema con un profesor.

Después de su absolución por el asesinato de Lilly Kane, Aaron sale a la calle, cosa que decepciona a Veronica. Keith le dice que tienen que seguir adelante, ya que seguro que Aaron recibirá su merecido. Al llegar a la oficina, Veronica lee que el padre de Meg ofrece dinero por la captura de Woody Goodman. Keith recibe la llamada de Vinnie Van Lowe, que le ofrece trabajar juntos en la búsqueda de Woody. Vinnie posee información valiosa que puede ayudar a Veronica y a Keith a encontrar a Woody. Entre esa información, Veronica encuentra ciertos datos que le ayudan a resolver ciertas cuestiones de su pasado. Por otra parte, el día de la graduación llega y Keith está exultante. En la ceremonia, Veronica se lleva una gran sorpresa. Además, Veronica sueña con cómo sería su vida si Lilly no hubiera sido asesinada. Mientras tanto, Veronica encuentra la pista definitiva que revela el culpable del accidente de autobús. Nuevamente, la vida de Veronica vuelve a correr peligro.

Con Keith actuando de sheriff, Veronica acude sola a un incidente en un restaurante cuyos dueños reciben muchos crímenes de odio. Mientrastanto, Keith esta enfadado por la falta de profesionalidad de sus subordinados cuando les ordena que multen a los bares que sirven alcohol a los menores de edad. Logan organiza una fieta de cumpleaños a Parker, y Piz se decide a afrontar sus sentimientos por Veronica.

Verónica y Keith siguen una nueva pista, y descubren a otra víctima. Matty sigue sus propios instintos, aterrizada y peligrosamente cerca de un asesino. Verónica tiene una epifanía trágica, mientras el reloj sigue corriendo.

Veronica encuentra el anuario de su instituto, donde ve a su madre y se plantea si la conocía tan bien como se pensaba e investiga buscando a viejos amigos de su madre. Mientras, la hermana de Logan, Trina, hace de directora de la función de teatro del instituto y tiene algún que otro percance con Kendall.

Una alumna del instituto acusa a un profesor de abuso sexual. Los padres de la chica contratan a Keith para demostrarlo y mientras, Veronica, se propone ayudar al profesor a encontrar las pruebas que lo liberen de la acusación. Además, sigue ayudando a Logan en la búsqueda de su madre.