A medida que la flota de ataque de los Goa'uld se acerca a la Tierra, los cuatro miembros del equipo SG-1 son tomados prisioneros. Reciben ayuda de una fuente inesperada cuando Bra'tac, el mentor de Teal'c, revela que está a bordo. Apophis ha retrasado el ataque hasta que su hijo Klorel sea revivido, dándoles algo de tiempo para prepararse. SG-1 ha utilizado todo el C4 en una de las dos naves, pero deben encontrar una manera de deshacerse de la segunda. De regreso en el Comando Stargate, el Teniente Coronel Bert Samuels llega como oficial de enlace del Pentágono, pero también revela un nuevo arma que han desarrollado. El General Hammond está escéptico. Comienzan a transportar humanos a un sitio Alpha para asegurar la continuación de la humanidad.

En Juna, el SG-1 recibe una bienvenida hostil por parte del líder guerrero local, Darian, quien parece incrédulo de que se atrevieran a regresar. Lealmente entregan a Sam y Teal'c a Cronus y les ordenan enterrar el Stargate. Cronus ordena a Darian que decapite a Daniel con un arma de personal, solo para descubrir que su cabeza es robótica. La evidente sorpresa de Cronus hace que Darian dude de su divinidad. En el SGC, Harlan les insta a emprender una misión. El maestro creador de robots les dice al SG-1 que las versiones roboticas que creó necesitan recargarse después de 48 horas. Para evitar que los Goa'uld accedan a los recuerdos de sus duplicados, el SG-1 va a regañadientes a Juna. Darian se une a ellos, pero siente que la mayoría de su pueblo no se atreverá a desafiar a Cronus. Los dos Teal'cs se concentran en vengar al padre del original atacando imprudentemente a Cronus, mientras que los Sams y Jacks lidian con los problemas militares y derrocan el dominio de los Goa'uld.

Bra'tac y Teal'c se encuentran con un enemigo fuertemente armado con un escudo que lo protege de las armas Goa'uld y que ha eliminado a dos guardias personales Goa'uld. A duras penas logran derrotarlo y lo llevan de vuelta al SGC para su estudio, pero esta nueva amenaza plantea un problema mayor para los Tau'ri.

Con un nuevo comandante del SGC llega un nuevo líder de SG-1, el Teniente Coronel Cameron Mitchell, un ex piloto de combate que voló un F-302 en la batalla sobre la Antártida. Sin embargo, se desanima por el hecho de que todos los demás miembros de SG-1 se van a otras empresas: Teal'c para gestionar la Nación Jaffa, Carter a la Área 51 para investigación y desarrollo alienígena, y el Dr. Jackson a Atlantis como experto en los Antiguos. Mitchell se esfuerza por retener a los miembros de SG-1 para sí mismo, pero cada vez es más difícil convencerlos.