A device that creates hallucinations affects the team off-world.

Una especie de plaga se está propagando por la galaxia Pegasus y la Dra. Keller estima que cientos de miles morirán si no encuentran la manera de detenerla. Sin embargo, su investigación muestra que el origen de la enfermedad está en los Hoff, quienes habían estado trabajando en una forma de matar a los Wraith. Sheppard y los demás creen saber quién podría estar propagando el virus y por qué. Mientras tanto, Teyla cree que está recibiendo mensajes de Kanaan, el padre de su hijo. Recibe sus mensajes mientras duerme y la mayoría piensa que solo está soñando. Sigue las pistas que él le da, pero es capturada por un viejo enemigo que tiene planes muy específicos para ella. En su búsqueda de Teyla, sin embargo, Sheppard y McKay encuentran a alguien completamente inesperado.

Poco a poco, todos en Atlantis llegan a aceptar la repentina reaparición del Dr. Carson Beckett, quien afirma haber sido prisionero de Michael durante aproximadamente dos años. Les cuenta lo que estaba haciendo en el laboratorio de Michael y se ponen en marcha para encontrar a la secuestrada Teyla. La Dra. Keller descubre cómo ha llegado allí en primer lugar. Mientras tanto, Sheppard ha estado utilizando todos sus contactos para tratar de localizar a Teyla, pero se encuentran con alguien del pasado. Por su parte, Teyla ha encontrado a algunos de los atosianos vivos, pero son pocos debido a los experimentos de Michael. Michael le explica qué es lo que quiere de ella, así como sus propios planes para el futuro.

Los ingenieros de combate de Atlantis trabajan contra reloj para rescatar a cuatro de sus colegas que ahora están atrapados entre los escombros del complejo médico de Michael. Con Michael en camino, localizan rápidamente a McKay y al Mayor Lorne, pero Sheppard y Ronon están mucho más adentrados y su rescate no está asegurado. Cuando llega la nave de Michael, deciden intentar rescatar a Teyla, quien está en trabajo de parto y cerca de dar a luz. Cuando todo ha terminado, la Coronel Carter es llamada de regreso a la Tierra para una evaluación de desempeño, pero Richard Woolsey tiene algunas malas noticias para ella.

Ronon is abducted by a Wraith who tries to brainwash him.

Sheppard and his team are lured to a planet and are soon put on trial for crimes against the people of the Pegasus galaxy. In flashbacks, the three judge tribunal recounts the indictment against them including the re-awakening of the Wraith and the various missions where at least a few, if not more, innocent bystanders were killed. Sheppard does his best to argue that on balance, fewer were killed by their presence than would have been the case if they had never been there. A least one of the judges is clearly determined to find them guilty while a second seems far more sympathetic. It's left to Richard Woolsey, who has now joined them, to plead the rest of their case. A lawyer by profession, Richard clearly knows how the game is played and focuses on that third judge.