Hace más de 75 años que la nave espacial Conestoga, nave Kolinia, partió de la Tierra en una misión unidireccional de nueve años para establecer a la primera colonia humana fuera del Sistema Solar, llamada Terra Nova situada a menos de 20 años luz. Es la historia de una de las primeras colonias extrasolares de los humanos (ya existía Nuevo Berlín en la Luna y Utopía Planeta en Marte y colonias en asteroides), fundada mucho antes del desarrollo de las naves WARP 4.5 como la actual Enterprise NX-01. La misión iba a durar 9 años, en un planeta muy similar a la Tierra. Allí la colonia prosperó y era tal éxito que la agencia espacial tenía intención de enviar a más gente allí. Pero los colonos protestaron ya que llevaban allí 5 años y no querían a 200 personas más con ellos y los mensajes agresivos que se intercambiaban entre Terra Nova y la Tierra cesaron. Ahora el Enterprise pasados 70 años tiene la misión de averiguar qué pasó con ellos La Enterprise entra en orbita sobre la colonia y el capitán Archer intenta mantener un primer contacto. No aparecen bioseñales aunque la colonia parece intacta y hay señales bajas de radiación aunque no conocen su tipo. Archer, T'Pol, Travis y el teniente Malcolm Reed bajan a la superficie y descubren un pueblo desierto cubierto de óxido pero sin señales de lucha. Según sus análisis la radiación hace 70 años era mortal y no podían huir ya que la nave que allí los llevó la utilizaron para montar la colonia. Se trataba de un viaje de ida. Descubren a alguien en el bosque y Reed se dispone a perseguirlo. Persiguiéndolo llega a unas cuevas y todos se reúnen ante la entrada ya que se trata de unos túneles enormes que han de explorar. Allí encontrarán a los descendientes de los colonos, que ni son como los esperaban ni tienen ganas de hacer amistad..

El alto mando Vulcaniano ordena a T'Pol que abandone el Enterprise. Sin embargo, en su última misión con el capitán Archer, T'Pol es hecho prisionero. Finalmente, en momentos de necesidad surgen de pronto nuevos amigos...

"¡Comen ustedes como cerdos!", es la única frase que Hoshi creyó entender mientras los Kreetasen abandonaban ofendidos la nave, tras lo que Trip describió como"el primer contacto más corto de la Historia". Hoshi está deprimido, aunque T'Pol le aclara que ha sido culpa suya que el encuentro fracasara, y el capitán se encierra en su cámara. Si el capitán supiera que a bordo hay una forma amorfa y que se deshace, no se hubiera dejado convencer tan fácilmente por Trip. Sólo Hoshi se da cuenta de que algo no va bien. Y mientras la mayoría de la tripulación intenta ver una película de terror, él experimenta la suya propia...

La Lanzadera Uno sale sin tripulantes al espacio. Hoshi intenta ponerse en contacto con ella, pero, al no obtener respuesta, abandona. Reed descubre que las armas de la nave han sido disparadas, y que el sistema principal de energía, la gravedad artificial y los sistemas para mantener la vida han sido desconectados, aunque no hay bioseñales de vida. Cuando examinan la lanzadera, descubren restos de sangre de Tucker y Archer, quienes se encuentran encadenados en una nave camino de una colonia penitenciaria: Canamar.

Archer y la tripulación buscan mas información sobre la nueva raza hostil, los Xindi.

Cuando Archer con su grupo contestan una llamada de auxilio de una nave vulcana atrapada en la expansión délfica, son atacados por unos vulcanos zombies.

Un grupo de religiosos Zealotes secuestran la nave para usarla contra sus enemigos de la fe.

En un universo paralelo y como segundo a bordo, Archer y la tripulación de la Enterprise inician un motín contra el capitán Forrest para apoderarse de una nave terrestre en el espacio Tholiano.

Seis años en el futuro, un emotivo Capitán Archer y la tripulación vuelven a la Tierra para entregar la Enterprise.