Tras décadas de estancamiento, la Humanidad se dispone a investigar el Universo. La tripulación del Enterprise NX-01, al mando del capitán Jonatahan Archer (Scott Bakula), parte en su viaje espacial, con gran disgusto de la Vulcaniana, que considera que la Humanidad no está preparada. A la tripulación se une la subcomandante T'Pol (Jolene Blalock), una vulcaniana cuya relación con el capitán es en un primer momento algo más que tirante. También conoceremos en este capítulo a la alférez Hoshi Sato (Linda Park) la oficial de comunicaciones, al comandante Charlie 'Trip' Tucker III (Connor Trinneer) el jefe de ingeniería, al oficial médico jefe el doctor Phlox (John Billingsley), al alférez Travis Mayweather (Anthony Montgomery) el timonel y al teniente Malcolm Reed (Dominic Keating) encargado de las armas de la nave. La misión del Enterprise es transportar a un Klingon herido a su planeta, después del primer contacto de éstos con los humanos. Pero los Suliban raptan al Klingon . La tripulación del Enterprise dispuesta a rescatar a su pasajero llega al sistema Rigel, último sistema visitado por su pasajero Klang (Tommy "Tiny" Lister, Jr), para buscar información sobre sus captores, el equipo de descenso es capturado por ex soldados Sulivan, estos eran el contacto de Klang en Rigel, estos explican a Archer la situación del Imperio Klingon y la misión de Klang, son atacados y han de salir por piernas de rigel, esto les sirve para encontrar la base de los Sulivan, donde probablemente se encuentre Klang, intentara rescatarlo, pero ¿a que precio?

Tras dos semanas en su primera misión de exploración del espacio profundo, el equipo de Enterprise todavía está adaptando su nave y preparándose para un primer contacto con otra civilización. El Enterprise en su búsqueda de otras especies sólo había logrado encontrar a un gusano que permanece en la enfermería por su mal estado y al que buena parte de la tripulación y en especial Hoshi le ha tomado mucho cariño. Pero el primer contacto aparece ante sus ojos en forma de una nave espacial. T'Pol, como buena vulcana, no siente gran interés por introducirse en la anve a investigar ya que no responde a sus llamadas pero el capitán decide investigar lo que allí ocurre. Entran en la nave y hallan unos humanoides muertos, que parecen haber sido víctimas de crueles experimentos. Hoshi es presa del pánico y quiere que el Enterprise regrese a la Tierra, pero Archer quiere continuar. Poco después son atacados por otra nave extranjera que parece querer llevarlos a la misma situación que los humanoides que habían encontrado. Sin torpedos (vieja versión de los legendarios torpedos fotónicos) y sin velocidad warp están perdidos hasta que aparece una segunda nave similar a la que habían investigado y donde encontraron a la tripulación muerta; pero no consiguen hacerles entender que ellos no son los culpables de estas muertes sino unas futuras víctimas sin su ayuda.

La Entreprise lleva tres semanas viajando cuando descubren un planeta de clase Menshara (viable para formas de vida humanoides). Se trata de un lugar idílico con abundante vegetación y bonitos paisajes que además presenta una atmósfera compuesta por un 17% de oxígeno y un 81% de nitrógeno igual que La Tierra, por lo que deciden explorarlo buscando vida o cualquier clase de huella de ella. Un equipo de investigación con una entomóloga llamada Elizabeth Cutler (Kellie Waymire), Ethan Novakovich (Henri Lubatti), Travis, Tucker, T'Pol y el capitán, embarca en un trasbordador dirigiéndose al planeta. También viaja con ellos Porthos, el perro de Archer. Tras varias peticiones deciden quedarse allí a pasar la noche acampados todos menos el capitán y tras unas cuentas historias de miedo al lado de la hoguera, los campistas se retiran a sus tiendas, pero no pueden dormir mientras que un vendaval repentino y feroz las envuelve. Ethan cree escuchar a alguien fuera de las tiendas. Retirándose a la seguridad de una caverna que habían encontrado aquella tarde a medio kilómetro se dan cuenta que han dejado atrás la comida y Travis se ofrece a ir a buscarla. Golpeado por el virulento viento y envuelto en la oscuridad llega al lugar donde habían acampado y allí puede apreciar a tres formas humanoides antes de regresar a la seguridad de la cueva. T'Pol sugiere que Mayweather imaginaba las figuras, Novakovich oye voces y entra en pánico por lo que quiere escapar de la cueva cuanto antes. Todo ocurre por un agente alucinógeno que les hace ver a seres extraños extraños, y a T'Pol como una traidora.

Mientras el capitán Archer se ducha comienzan a surgir problemas con los paneles de gravedad de la cubierta E que son subsanados rápidamente. Otros problemas surgen con la comida, con la temperatura, fluctuaciones de energía, etc. El jefe de ingeniería Trip Tucker determina que el flujo del extractor del plasma de la nave está siendo limitado por alguna razón afectando a muchos sistemas de la nave. Salen de velocidad warp y T'Pol localiza una distorsión en la estela de la nave que les hace encontrar una nave camuflada en su estela. Al descubrirlo entran en contacto con ellos contestan distanciándose como les ordenaron y solicitando que no les ataquen. Explican que sus motores están averiados y los utilizaban para poder viajar. Al desconectar el sistema de camuflaje muestran su buena voluntad. Trip debe ayudar a la nave extraterrestre durante tres días en las reparaciones a las que ha de someterse arreglando sus problemas de propulsión. Pero antes de entrar ha de pasar un periodo de decomprensión que le hace pasar bastante mal rato. En la sala de máquinas empieza a encontrarse mal, con falta de concentración y síntomas de fiebre, y Trena'l (Randy Oglesby), el capitán de la otra nave, aconseja que el ingeniero descanse para así poder aclimatarse mejor. Archer le ordena dormir por lo menos una hora y Trip cumple la orden a regañadientes. Cuando despierta se encuentra bastante mejor y charla amigablemente con una de las alienígenas de la otra nave, la ingeniera Ah'len (Julianne Christie), pero al tocarse saltan chispas entre ambos y ella le explica que es algo normal. Su nueva amiga le muestra su planeta Vera mediante un holograma, hasta la tierra del suelo parece real gracias a fotones resecuenciados; la imagen cambia y están en el mar en un bote , allí le invita a jugar con un bol lleno de gránulos donde ambos sumergen las manos (hacen falta 4 manos para jugar) y les permite leerse las mentes. Regresa a la Enterprise encantado con lo que ha

Hace más de 75 años que la nave espacial Conestoga, nave Kolinia, partió de la Tierra en una misión unidireccional de nueve años para establecer a la primera colonia humana fuera del Sistema Solar, llamada Terra Nova situada a menos de 20 años luz. Es la historia de una de las primeras colonias extrasolares de los humanos (ya existía Nuevo Berlín en la Luna y Utopía Planeta en Marte y colonias en asteroides), fundada mucho antes del desarrollo de las naves WARP 4.5 como la actual Enterprise NX-01. La misión iba a durar 9 años, en un planeta muy similar a la Tierra. Allí la colonia prosperó y era tal éxito que la agencia espacial tenía intención de enviar a más gente allí. Pero los colonos protestaron ya que llevaban allí 5 años y no querían a 200 personas más con ellos y los mensajes agresivos que se intercambiaban entre Terra Nova y la Tierra cesaron. Ahora el Enterprise pasados 70 años tiene la misión de averiguar qué pasó con ellos La Enterprise entra en orbita sobre la colonia y el capitán Archer intenta mantener un primer contacto. No aparecen bioseñales aunque la colonia parece intacta y hay señales bajas de radiación aunque no conocen su tipo. Archer, T'Pol, Travis y el teniente Malcolm Reed bajan a la superficie y descubren un pueblo desierto cubierto de óxido pero sin señales de lucha. Según sus análisis la radiación hace 70 años era mortal y no podían huir ya que la nave que allí los llevó la utilizaron para montar la colonia. Se trataba de un viaje de ida. Descubren a alguien en el bosque y Reed se dispone a perseguirlo. Persiguiéndolo llega a unas cuevas y todos se reúnen ante la entrada ya que se trata de unos túneles enormes que han de explorar. Allí encontrarán a los descendientes de los colonos, que ni son como los esperaban ni tienen ganas de hacer amistad..

Mientras que la Enterprise surca las profundidades del espacio, el capitán Archer decide desviarse ligeramente de su ruta prevista para visitar el famoso monasterio vulcano de P'Jem, un santuario para la meditación y la purgación de las emociones (Kolinahr)de 3000 años de antigüedad. T'Pol no está muy de acuerdo con visitar el lugar ya que piensa que no serían bien recibidos al ir humanos al lugar. Pero el capitán quiere ir con Tucker y ella y T'Pol ha de prepararlo todo para ello. Visitan el lugar sin avisar, ya que no poseen tecnología en el lugar, pero el templo presenta grandes desperfectos exteriores y nadie acude a recibirlos a su llegada. Un monje aparece pero les advierte que están en la fase final del Kolinahr) y no los pueden molestar. T'Pol observa cosas extrañas como iconos fuera de sitio, no ser recibidos por varios monjes y el anciano que los ha recibido lo encuentra demasiado agitado. Antes de irse se dan cuenta que alguien los vigila y apunta con unn arma. Archer y Tucker lo reducen y descubren que se trata de un andoriano. Pero antes de poder ponerse en pie más andorianos aparecen y los apresan. Los andorianos son los grandes enemigos de los vulcanianos y ni siquiera conocen la Tierra pero se han hecho fuertes en el monasterio y tienen a los monjes y ahora a ellos apresados. Shran (Jeffrey Combs), el líder andoriano, interroga al capitán y lo acusa de participar en una conspiración con los vulcanianos. Los andorianos son famosos por desconfiados e irascibles. Son del planeta vecino a los vulcanianos y algunas facciones de su raza creen que estos quieren conquistarlos. Desde la Enterprise se dan cuenta de la presencia de una nave no vulcana al lado de la lanzadera. La tripulación del Enterprise se encuentra sin quererlo en medio de una disputa de consecuencias impredecibles.

La Enterprise detecta 3 estrellas congeladas, restos de una supernova y también un planeta clase minshara a menos de 5 años luz con unos 500 millones de habitantes que componen una civilización entera. Puestos en órbita a 500 kilómetros sobre el planeta, T'Pol informa que se trata de una civilización preindustrial y que el protocolo estándar dice que se ha de esperar a que una sociedad desarrolle el primer motor warp antes del primer contacto. Esos son los protocolos vulcanos hasta la fecha y el capitán Archer, a pesar de no ser protocolos humanos, decide adaptarlos bajando al planeta disfrazados y maquillados como nativos gracias a la tecnología manejada por el doctor Phlox. El lugar exacto será una granja para así correr menos riesgos. Antes de salir en una ciudad del continente Este se detectan emisiones de neutrino producidas posiblemente un reactor antimateria. No saben si alguien los ha visitado antes y no detectan nada a tanta distancia. Hoshi Sato, Tucker, Archer y T'Pol descienden y se separan en dos grupos observando como muchos habitantes (los Akaali) sufren algún tipo de plaga que los están matando. Encuentran el reactor dentro de un edificio similar a una tienda protegido con una barrera magnética que Tucker intenta desactivar cuando una mujer les apunta con una especie de ballesta preguntándoles que hacen en el lugar y les explica que allí se hacen entregas nocturnas y que cree que la gente enferma por algo relacionado con lo que allí se esconde. Riann (Diane DiLascio), una boticaria, es reducida de un disparo por T'Pol. Archer se queda con ella y cuando despierta no se cree que se ha desmayado como el capitán le dice. Le pregunta si trabaja para Garos (Wade Andrew Williams), el dueño de la tienda, y al él negarlo si acepta la versión de que es un investigador de otra ciudad y no le puede contar nada más. Quedan al día siguiente en el mismo lugar para hablar.

La nave Fortunate, capitaneada por el capitán Keene (Charles O. Lucia) es atacada por los nausicanos y el alto mando, personificado en la persona del almirante Forrest (Vaughn Armstrong), se pone en contacto a las cuatro de la mañana con el capitán Archer para que de la vuelta y ayude al carguero Fortunate ya que no saben nada de ellos y la Enterprise es quien puede llegar primero para ayudarlos. El Fortunate es un carguera clase Y con una velocidad máxima de warp 1,8 y 23 tripulantes adultos. Equipados con un pequeño cañón de plasma y algún posible refuerzo. La Enterprise llega al lugar y detectan el reactor desactivado y los sistemas sin funcionar. Deciden abrir un canal de comunicación pero no reciben señal ni respuesta a pesar que detectan 24 bioseñales. Acuden a bordo en una lanzadera y ya aproximándose encuentran restos de varias naves pero no se detectan cuerpos, solo materia inorgánica en esos restos. Ya a bordo de la nave gracias a una escotilla no dañada se encuentran con varios tripulantes, el primer oficial Matthew Ryan (Lawrence Monoson) entre ellos. Es ahora el capitán de la nave ante el mal estado de Keene y quien les informa que han sido atacados por piratas nausicanos. Dicen no necesitar ayuda y que la señal de SOS ha sido un ataque de nervios de uno de los tripulantes. Tras la insistencia se dejan ayudar ya que tienen varios heridos. Pero esconden un gran secreto, ya que en una de las bodegas tienen a un prisionero nausicano del que quieren obtener las claves de las frecuencias de la modulación de los escudos de la nave nausicana.

Al líder suliban Silik (John Fleck) su misterioso comandante del futuro le quita los ojos y lo amenaza con deshacerse de él y no devolvérselos si no tiene éxito en su siguiente misión. La Enterprise pasa cerca de un vivero estelar y el capitán Archer decide aproximarse para mantener contacto y saludarlos. El primer contacto es con una nave que escolta a un grupo de individuos profundamente espirituales en su peregrinaje a la gran llama de Agosoria. Cada once años una protoestrella emite una explosión de neutrones y esos “caballeros” creen que eso es algo sagrado. Ocurrirá en un día y Archer pide permiso para acompañarlos y los invita a cenar en la Enterprise aunque el capitán Fraddock (Michael O'Hagan) prefiere quedarse en su nave. Cuando los invitados llegan son bien recibidos por la tripulación con el capitán Archer al frente, Prah Mantoos (Joseph Hindy) uno de los visitantes es el primero en saludar aprendiendo a hacerlo dando la mano y les explica que han viajado muchos años luz para ver el acontecimiento. Además les traen uno presentes, un reloj que cuenta el tiempo desde el origen del universo y un licor. Los invitados visitan la nave pero uno de ellos vemos que es capaz de “dislocarse” un brazo para acceder a uno de los tubos y arrancarlo. El capitán Fraddock les advierte contra la tormenta de plasma que se aproxima y es mejor que intenten rodearla. Mientras el doctor Phlox explica a los invitados su trabajo. Las turbulencias aumentas y se quedan sin electricidad en la cubierta C mientras la tormenta se aproxima y les cuesta bordearla. Además se produce una sobrecarga en los reles de impulso y las anomalías no paran de aparecer en la nave mientras pierden potencia. Pero algo ha pasado que ha evitado que los daños fueran mayores y explotase el reactor. Uno de los visitantes no es quien dice ser, es Silik, pero les ha salvado, y más adelante el capitán descubre que Daniels (Matt Winston), el hombre que le sirve el desayuno, no

El Enterprise es atacado una y otra vez por naves extranjeras. Sus armas no funcionan. El capitán Archer da orden de regresar a la Tierra para instalar nuevas armas en el NX-01, pero la tripulación se niega. La nave corre peligro de ser destruida, y Reed y Tucker comienzan a instalar las armas...

El Enterprise explora Valakis, un planeta descubierto recientemente, habitado por dos pueblos distintos. Una de las razas padece una enfermedad incurable, con millones de muertos. A Phlox se le plantea un difícil dilema ético. ¿Podrá Phlox con toda su ciencia médica ayudar a esta gente?....

El capitán Archer protege a una nave civil vulcaniana mientras la reparan. Estos vulcanianos salieron hace muchos años de su planeta natal para buscar nuevas emociones. Las dos tripulaciones se hacen rápidamente amigas. En un experimento, T'Pol tendrá la posibilidad de descubrir sus emociones reprimidas....

En un almuerzo de negocios con un comerciante que intenta vender seda a T'Pol, surge en la conversación un planeta donde aquél ha encontrado una nave. Al no ver signos de vida, se acercó para echar un vistazo y se dio cuenta que allí había todo lo que la tripulación necesita. Por diez kilos de café estaría dispuesto a darle las coordenadas. ¿Por qué no se las llevó él mismo? Porque la tripulación se lo impidió. Cuando Archer T'Pol, Trip y Merryweather avistan la nave, sus tricordios emiten la misma señal que el del comerciante: ningún signo de vida. Cada vez tienen más la impresión de que el lugar está realmente embrujado. T`Pol oye ruidos sin detectar la menor señal de vida, ni siquiera de ratas, ven sombras, se sienten vigilados. Siguen a una de las sombras hasta un jardín en medio de la nave, envuelto en una nube de vapor. Allí encuentran a la tripulación, a la que enseguida empiezan a ayudar a reparar la nave. Sin embargo, la nave y su tripulación guardan un sombrío secreto...

Cuando Archer y Meryweather despiertan, se encuentran rodeados de prisioneros y de Sulibans. Pronto descubren que los Suliban no son más libres que ellos mismos. En este campo de prisioneros, que no es el único que existe, hay retenidos 89 Suliban, que no han hecho nada malo, sólo que eligieron unos padres equivocados. Allí viven niños a los que los padres reparten en dos partes del campo, "por su propia seguridad". Cuando el oficial al mando del campo comienza a hacer preguntas a Archer sobre la Cabal y a presionarle, ambas partes, hombres y Suliban, han de dejar de lado sus prejuicios, y comienza una espectacular operación de salvamento...

"¡Comen ustedes como cerdos!", es la única frase que Hoshi creyó entender mientras los Kreetasen abandonaban ofendidos la nave, tras lo que Trip describió como"el primer contacto más corto de la Historia". Hoshi está deprimido, aunque T'Pol le aclara que ha sido culpa suya que el encuentro fracasara, y el capitán se encierra en su cámara. Si el capitán supiera que a bordo hay una forma amorfa y que se deshace, no se hubiera dejado convencer tan fácilmente por Trip. Sólo Hoshi se da cuenta de que algo no va bien. Y mientras la mayoría de la tripulación intenta ver una película de terror, él experimenta la suya propia...

Primer permiso para descender a tierra en Risa, un acontecimiento prometedor. Ya que no se puede dejar solo al Enterprise, deciden sortear quien de ellos podrá relajarse dos días y dos noches enteras. Aunque Archer se siente culpable por haber sido elegido, T'Pol le convence de que el Enterprise necesita que su capitán descanse. Entonces, se monta en una de las dos naves con los afortunados ganadores, entre los que se encuentran Trip, Reed, Hoshi y Merryweather, y todos tienen planes: Travis quiere desfogarse en los acantilados rocosos que cambian continuamente, Trip y Reed quieren encontrar unas extraterrestres para... ensanchar sus horizontes culturales, Archer sólo quiere un buen libro para entretenerse y Hoshi quiere ampliar realmente sus conocimientos aprendiendo idiomas, pero las cosas sucederán de otra manera...

El Enterprise penetra en un sistema desconocido para explorar un planeta similar a la Tierra. Antes de que la nave entre en órbita, es alcanzada por una potente explosión que abre un gran agujero en la cubierta. Otra mina se adhiere a la cubierta de la nave, y sólo el teniente Reed está en condiciones de desactivarla. Cuando está haciéndolo, se presentan los propietarios del sistema y exigen al Enterprise que abandone inmediatamente el sistema, lo que no es posible debido a lo dañado que está y a la otra mina...

El capitán y su perro Porthos, T'Pol, vuelven de una misión diplomática de los Kretasianos donde han intentado infructuosamente comprar una bobina de plasma. Durante la descontaminación, el doctor Phlox descubre que el perro Porthos sufre una especie de inmunodepresión desencadenada por su estancia en la superficie del planeta. Se descubre que una reliquia religiosa ha sido dañada por una "necesidad natural" del perro, y el acuerdo comercial es suspendido. Archer debe ejercer la diplomacia, mientras el estado de su perro es cada vez peor. Como está muy preocupado por el perro, pasa toda la noche en la enfermería, y se pone a conversar con el doctor...

Tras visitar un planeta en fase pre-warp, Malcolm, Hoshi y Archer regresan en el Decon. Tras quitarse las máscaras, Malcolm descubre algo espantoso: se ha olvidado su comunicador en el planeta. Hay dos opciones: volver a buscar el comunicador, o dejar que la cultura del planeta se contamine. Naturalmente, optan por la búsqueda, que resultará más difícil de lo que esperaban.

"Nota en el cuaderno de bitácora del oficial científico, 14 de agosto de 2152. La Enterprise continúa en ruta hacia el sistema Trinary. He enviado una llamada de socorro, pero la nave vulcaniana más próxima se encuentra a nueve días de distancia. Cuando quieran llegar, lo más probable es que encuentren sólo nuestros restos, o ni siquiera eso. Incluso aunque el Enterprise resista al agujero negro, la tripulación no podrá sobrevivir..."

La Enterprise acaba de descubrir un planeta con una extraordinaria riqueza de fauna y flora, y un cañón cinco veces más profundo que el Cañón del Colorado. Además, sólo oscurece cuatro veces al mes: sus dos soles obran el milagro. La próxima semana se anuncia pródiga, no sólo en resultados sorprendentes, sino también en posibilidades de hacer rafting por los ríos y otras muchas cosas. Sin embargo, la alegría no durará mucho. En mitad de los preparativos, les interrumpe la llamada de una nave. El único deseo de su tripulación: que los traigan a bordo para huir tan pronto como sea posible a velocidad warp 7. Una tempestad radiactiva se aproxima a esa velocidad . El problema es que la Enterprise sólo alcanza la velocidad warp 5...

Trip se encuentra a bordo de la Lanzadera Uno probando un una nueva prestación. Descubre que el planeta en torno al cual vuela tiene muchas lunas, cuando Archer le dice por el comunicador que es probable que esté habitado. La comunicación se interrumpe y Trip es atacado por deconocidos. Tiene que aterrizar en una de las lunas, y para los de la Enterprise comienza una carrera contra reloj, pues aunque aún hace fresco en esa parte de la luna, cuando salga el sol hará muchísimo calor. Además, tienen que averiguar en cual de las 62 lunas está Trip con un posible enemigo...

Guerra. O se puede decir que falta poco para que empiece. Los Andorianos están tan dispuestos a defender "su" territorio como los Vulcanianos. Ambos creen tener acreditados sus derechos. Ambos han sacado ya sus armas. Cuando los andorianos hacen prisioneros a tres soldados vulcanianos, los vulcanianos proponen negociaciones de paz, pero nadie cree en ellas. Para el comandante Shran, la única solución es ese piel rosada con el que tuvo algunos tratos: Jonathan Archer.

El Capitán Archer está acusado ante un tribunal Klingon de conspirar contra el Imperio, y su única esperanza de escapar a una pena de muerte o ser esclavo en la mina de dilithium de Rura Penthe esta en un envejecido y desencantado abogado Klingon con poco interes por el caso.

Cuando la nave invierte su curso para ir a investigar un fenómeno planetario, Mayweather aprovecha la oportunidad de visitar la nave de carga donde nació y creció, el E.C.S. Horizon. Pero su padre, el capitán de la nave, recientemente murió, y Travis descubre que las cosas en casa no son como parecen.

A la Enterprise se le pide ayudar a evacuar a un grupo de geólogos de Denobulan de un mundo que ha sido tomado por otra faccion del planeta, y debido a que ellos se localizan en el subsuelo del planeta, el esfuerzo es doble. Entretanto Phlox enfrenta un dilema cuando otro evacuado, un Antaran quien ha sufrido una dosis fatal de radiación, se niega a ser tratado por un Denobulan debido a la vieja pelea entre las dos razas.

Archer y la tripulación buscan mas información sobre la nueva raza hostil, los Xindi.

Un poderoso telépata hace contacto con Hoshi y le ofrece ayudarlos a encontrar a los Xindi a cambio de un precio.

Una distorsión espacial deja a Archer imposibilitado de formar nuevos recuerdos.

Una nave Andoriana al mando del comandante Shran llega a la Expansión Délfica para ayudar a la enterprise del ataque Xindi.

Archer investiga a un alien rescatado que parece ser un sujeto de testeteo. Los oficiales comienzan a tener extrañas sensaciones.

Acher va en una misión suicida para destruir el sitio de construcción de la super arma Xindi, mientras la Enterprise está bajo ataque.

Después de haber sobrevivido misteriosamente a la super arma Xindi. Archer se despierta en la tierra en la época de los Nazis de 1940 quienes han invadido Estados Unidos con la ayuda de Aliens.

Archer se reune con la tripulación de la nave y tratan de terminar el plan de destruir con una máquina del tiempo el futuro de la tierra.

Los aliens no corpóreos estudian a la tripulación de la Enterprise para ver su reacción frente a una infección viral.

Archer trata de unir a Andorianos, Tellarites y Vulcanos en un plan para capturar una nave que esta tratando de desestabilizar la región.

Archer visita el mundo de Shran's para encontrar una subespecie Andoriana llamada los Aenar, para determinar su conexión con la nave que destruye naves en la región.

Después de un acuerdo con los Orions. El comerciante le obsequia tres mujeres a Archer que cautivan a todos los hombres de la nave excepto a Trip.

En un universo paralelo y como segundo a bordo, Archer y la tripulación de la Enterprise inician un motín contra el capitán Forrest para apoderarse de una nave terrestre en el espacio Tholiano.

En la Tierra, un grupo xenofóbico, los Terra Prime, intenta terminar con el anexamiento de aliens y las relaciones con más planetas.

Un líder humano aislacionista amenaza destruir el comando de la flota estelar si los aliens no abandonan la tierra.

Seis años en el futuro, un emotivo Capitán Archer y la tripulación vuelven a la Tierra para entregar la Enterprise.