La Enterprise acaba de descubrir un planeta con una extraordinaria riqueza de fauna y flora, y un cañón cinco veces más profundo que el Cañón del Colorado. Además, sólo oscurece cuatro veces al mes: sus dos soles obran el milagro. La próxima semana se anuncia pródiga, no sólo en resultados sorprendentes, sino también en posibilidades de hacer rafting por los ríos y otras muchas cosas. Sin embargo, la alegría no durará mucho. En mitad de los preparativos, les interrumpe la llamada de una nave. El único deseo de su tripulación: que los traigan a bordo para huir tan pronto como sea posible a velocidad warp 7. Una tempestad radiactiva se aproxima a esa velocidad . El problema es que la Enterprise sólo alcanza la velocidad warp 5...

La Enterprise descubre una nave vagando por el espacio que no responde a sus llamadas. Cuando la tienen en la cubierta de aterrizaje 2 y la observan más de cerca, la tripulación descubre algo extraño. Abren la nave, que aparentemente no es más grande que una lanzadera, y descubren dentro un cadáver. El hecho de que sea un hombre, y de que la tripulación del Enterprise sean en realidad los hombres que han ido más lejos de su planeta, es sólo el primero de muchos misterios.

A la Enterprise se le pide ayudar a evacuar a un grupo de geólogos de Denobulan de un mundo que ha sido tomado por otra faccion del planeta, y debido a que ellos se localizan en el subsuelo del planeta, el esfuerzo es doble. Entretanto Phlox enfrenta un dilema cuando otro evacuado, un Antaran quien ha sufrido una dosis fatal de radiación, se niega a ser tratado por un Denobulan debido a la vieja pelea entre las dos razas.

Un cazador Tellarite captura a Archer para devolverlo a los Klingons a cambio de un premio importante. Entretanto, T'Pol se infecta con un patogeno alien que libera las emociones vulcanas primitivas.

Cuando Archer con su grupo contestan una llamada de auxilio de una nave vulcana atrapada en la expansión délfica, son atacados por unos vulcanos zombies.

La vida de los tripulantes de la nave queda en manos del Dr. debido a que deberán ser puestos en coma para poder sobrevivir a un disturbio transdimensional.

Archer es devuelto a la nave inexplicablemente después de una brutal tortura por parte de los Xindi. La Enterprise se recupera de los daños sufridos por el ataque de los Reptilian. Archer se entera que hay una facción del consejo Xindi que quiere dialogar con él, pero son varios años luz y la nave esta averiada.

Archer y sus nuevos aliados dentro del consejo Xindi intentan evitar el ataque a la tierra por parte de los insectoides y los reptílicos, mientras T'Pal y Reed van a destruir las extrañas esferas metálicas causantes de la expansión Délfica.

A bordo de la nave de Degra, Archer, Reed y Hoshi trabajan con los Arboreals y los humanoides para alcanzar a los Reptilians y detener el superarma Xindi. Archer planea abordar el super arma y sobrecargar sus motores. Mientras en la expansion délfica intenta destruir la esfera 41 y as desamblar toda la red, mientras los creadores de las esferas tratan de acabar con ellos.

El inventor del transportador, Emory Erickson, viene a la Enterprise a hacer un experimento arriesgado.

Con la ayuda del Columbia, la tripulación de la Enterprise solucionan el sabotage a sus naves y ven detrás el secuestro de Phlox.

En la Tierra, un grupo xenofóbico, los Terra Prime, intenta terminar con el anexamiento de aliens y las relaciones con más planetas.

Un líder humano aislacionista amenaza destruir el comando de la flota estelar si los aliens no abandonan la tierra.

Seis años en el futuro, un emotivo Capitán Archer y la tripulación vuelven a la Tierra para entregar la Enterprise.