Michael está una vez más encarcelado, pero ahora en SONA (Panamá), junto con T-Bag, Mahone y Bellick. La prisión es gobernada exclusivamente por los reclusos, cuyo señor de la prisión local, Lechero, se siente amenazado por la "fama" de Scofield. Lincoln intenta medios legales para trasladar a Michael, y recibe una llamada de un familiar. Ambos reciben el mismo mensaje, a través de diferentes canales, de The Company.

Después de recibir malas noticias de Lincoln, Michael se dispone a encontrar a un prisionero llamado James Whistler, quien tiene la clave de su libertad. Eso es más fácil decirlo que hacerlo: James Whistler se está escondiendo en Sona porque hay un precio por su cabeza, y Lechero no está dispuesto a ayudar a Michael a encontrarlo. Además, tanto Mahone como Bellick también quieren llegar a Whistler. Mientras tanto, T-Bag no permitirá que un poco de humillación le impida ganarse el favor de Lechero.

Lincoln intenta salvar a LJ y Sara. Pero no puede. Mientras tanto, Michael tiene una conversación telefónica con Sara. Y Lincoln recibe una llamada de Susan B. diciendo que dejó algo en el garaje para él.

Después de la muerte de Sara, Lincoln decide no contarle a Michael sobre ello. Susan B. le dijo a Lincoln que si volvía a hacer algo mal, iba a enviarle partes de LJ. Mientras tanto, Sucre consigue un trabajo en Sona. Y Sofia comienza a ayudar a Linc.

Un prueba con una rata demuestra que los francotiradores de la torre son muy buenos, por lo que Michael concluye que la única opción para sacar a Whistler de la cárcel en menos de 24 horas es a las 3 PM, durante la distracción del partido de fútbol. Sucre acepta $5,000 de Augusto, el primo de Lechero, para introducir un paquete en Sona. Linc se encarga de organizar el transporte afuera, pero él y Sofia son rechazados bruscamente por una patrulla militar a dos millas de distancia. Él le dice que Sara ya ha sido asesinada. Decide ocultárselo a Michael, ya que su máxima prioridad es LJ. El nuevo prisionero Andrew Tyge es robado hasta quedarse en calzoncillos al llegar, y reconoce a Whistler (quien lo niega), mencionando a McFadden, Nice en 1997. Mahone lo advierte y le pide que se aleje de Michael y Whistler. Planifican un dispositivo de interferencia de señal eléctrica para distraer a la torre de vigilancia. Antes de que puedan actuar, ven el reflejo de los prismáticos: los soldados se acercan y los encuentran en su celda. Michael admite que son suyos. Cuando el comandante está a punto de dispararle, Whistler afirma que son suyos para observar aves, y lo demuestra mostrando el libro de ornitología (el que Linc no pudo conservar).

Tyge le cuenta a Michael que él y Whistler eran compañeros de trabajo en el McFadden, un hotel en Niza, Francia. Mahone se preocupa por la constante y aguda observación de Tyge sobre Whistler. Teniendo que replanificar rápidamente, Michael le dice a Linc que descubra la ubicación del café cercano y drogue el café del guardia, y también exige fotos de LJ y Sara antes de escapar. Tyge es apuñalado hasta la muerte. Lechero interroga a McGrady y hace arrastrar a Whistler para obtener una confesión. Michael cree en las negaciones de Mahone y Bellick. T-Bag le ofrece a Michael un anillo que robó a Sammy (su rival por la confianza de Lechero) para usarlo como prueba de que Sammy apuñaló a Tyge. Michael encuentra el cuchillo del asesinato debajo de la cama de Mahone y va con Lechero para denunciar a Mahone, solo para descubrir que acaba de salir de la prisión. Los agentes Richard Sullins y Felicia Lang llegan a Sona para presentarle a Mahone una oferta de acuerdo de culpabilidad del Departamento de Justicia de EE. UU.: una reducción de pena a 8 años a cambio de testimonio contra la conspiración del gobierno y Lincoln. Podría salir en 4 años, pero Mahone se niega y ahora enfrenta cadena perpetua. Lechero administra justicia para Tyge a su manera. Linc y Sofia logran drogar al Capitán Hurtado, pero Susan descubre que los hermanos tenían un plan de tiempo diferente y amenaza la vida de LJ. Sin fotos recientes disponibles, Linc confiesa la muerte de Sara, lo que lleva a Michael a tomar una decisión drástica.

Mahone está seguro de que todo lo que tiene que hacer es decir la verdad, disfrutando de inmunidad total. Michael le dice a Whistler que su pelea es parte de una distracción, la escapatoria es ahora o nunca, antes de que el efecto de la droga en el café del guardia desaparezca. Justo cuando el reflejo crítico del sol ciega al otro guardia de la torre, deben esperar y esconderse hasta que Sammy haya pasado, pero pasar por las barras cortadas. Bajan, pero el resplandor desaparece, así que deben subir de nuevo porque no hay suficiente tiempo para escapar. Regresan a tiempo y salen al patio, pero Lechero se niega a permitirles cancelar su duelo a muerte en el patio, que había sido planeado como una distracción falsa. Sofia saca un arma a Lincoln para evitar que entregue a Whistler a los asesinos. Él responde que eso condenaría a L.J., un inocente, a la muerte. Los guardias despiertan al Capitán Hurtado desmayado, ven la cuerda de escalada y entran en la prisión. El Coronel dispara a Papo, uno de los hombres de Lechero, "por no contar" y revela su trato con Lechero, cuestionando si es el hombre adecuado para el trabajo. Al escuchar la sirena de Sona, Linc huye en coche y cuando Susan llama, él miente, diciéndole que tiene a los "fugitivos" en el maletero, pero Pike, otro operativo de la compañía, la llama: el recuento de reos estaba completo. Sucre detiene su furgoneta chocando contra ella, pero incluso cuando Linc la amenaza con un arma, su cómplice no cambiará a L.J. La libera y obtiene una breve prórroga para averiguar qué sucedió. Ante una audiencia fallida, Malone ahora cree que el funcionario de Justicia Richard Sullins lo está tramando para que confiese. Michael es arrastrado ante Lechero, pero no para ser castigado, sino para llevar

Lincoln le dice a Michael que tienen cuatro días más para rescatar a Whistler, pero Michael está molesto con su hermano por haberlo utilizado. Gretchen tiene una reunión con el General y deciden usar la fuerza para liberar a Whistler en una operación llamada "Bang and Burn". Luego le pide a Whistler que mate a Michael. En Sona, los guardias refuerzan los barrotes de las ventanas, y Michael le dice a Lechero que de esta manera será difícil escapar. Sammy le pide a Lechero más hombres para mantener Sona bajo control. Sofia recibe una llamada del misterioso casero de Whistler que le dice que tiene algunos "papeles de seguro" de su novio, sin embargo, la Compañía intercepta la conversación. Cuando Sofia recibe los documentos, encuentra un pasaporte de Whistler a nombre de Gary Miller. Pero Gretchen llega y se lleva los documentos. Mahone le cuenta al Agente Lang cómo mató a Shales y luego, bajo los efectos de las pastillas, le pide que le consiga drogas, de lo contrario no podrá hablar en la audiencia. T-Bag entrega un mensaje de Lechero con el plano de su celda, que tiene una puerta oculta y un código de acceso. Whistler está listo para apuñalar a Michael cuando llega Lechero y él esconde el cuchillo. Michael le pide a McGrady que le pida a su padre que llame a Lincoln y le dé un mensaje: "No vuelvas a casa para cenar". Mahone fracasa en la audiencia y es enviado de vuelta a Sona. Lincoln, Sucre y Sofia son atacados por los agentes de la Compañía y los hermanos se dan cuenta de que algo está ocurriendo, es decir, la Compañía ya no los necesita. Cuando comienza la operación "Bang and Burn", Michael atrapa a Whistler y Gretchen falla en su intento. El General Zavala hace que Michael sea llevado para ser interrogado por el intento de fuga.

Después de que el helicóptero no logra rescatar a Whistler, el nuevo comandante de Sona, el General Zavala, decide hacer que Michael hable poniéndolo en una caja caliente de aislamiento expuesta al sol. Promete ayudar a cambio de la verdad, verifica la situación de L.J. y le dicen que se trata de Whistler. Whistler, dándose cuenta de que el túnel no funcionará sin el ingeniero Scofield, niega rotundamente conocer algo ante Zavala y es amenazado con tortura hasta que admite colaborar con Michael, quien lo convence de revelar el nombre de Susan/Gretchen. Mientras tanto, Lincoln tiene un breve encuentro con L.J. como motivación. Mahone está de vuelta en Sona, desesperado sin su droga. T-Bag y sus aliados están principalmente preocupados por la sucesión esperada de Lechero y otra pelea a puño limpio, ganada por Bellick. Gretchen recluta a Sucre como espía doble (o triple para Linc); luego el General Zavala la arresta y tortura. Solo la confesión de Whistler la hace admitir el secuestro de L.J. y los lleva hasta allí, pero ella logra matar al General y escapar. Michael y Whistler son devueltos a la población general, Mahone y T-Bag se unen al grupo de escape a través del túnel. El primo de Lechero, Augusto, le pide a Sammy que abra el paquete: un arma.

Sammy le recuerda a Lechero que Papo está muerto y presiona a Lechero para que mate a Michael. Lechero responde que también quiere a Michael muerto, pero no quiere una revuelta en Sona. Mahone recibe una foto de su hijo por correo. Lechero, Michael, Mahone, Whistler y T-Bag inspeccionan el agujero en el túnel y Michael solicita una sierra y un martillo para apoyar el túnel. Sammy toma el control de Sona con la pistola entregada por Augusto y otros tres pandilleros, y promete una caja de botellas de ron para el recluso que mate a Michael. T-Bag convence a Bellick de entregarle el pie de pollo a Sammy, prometiéndole un lugar en el equipo de escape. Cuando Bellick descubre que ya no hay acetona, intenta sin éxito cancelar la pelea. Mientras tanto, Lincoln y Sofia visitan a Osberto y compran una bomba. Sucre coloca la bomba debajo del asiento del coche de Gretchen, pero ella descubre eso, diciendo que encontró a Maricruz rastreando el cheque de 25.000 dólares que le dio. Sammy deja la pelea con Bellick para perseguir a Michael, quien está encerrado detrás de la puerta en el túnel con Mahone. Sammy golpea a Whistler, quien se quedó atrás, tratando de obtener la combinación de la puerta. Michael retira una cuña del agujero y el túnel se derrumba sobre Sammy, enterrándolo, mientras Lechero y Mahone matan a los otros tres pandilleros. Sofia encuentra una billetera escondida en la bolsa de Whistler.

A medida que Michael finaliza los planes para la escapada, sus compañeros conspiradores comienzan a traicionarlo. Mientras tanto, Whistler considera traicionar a Michael cuando Sofia es amenazada.

Michael, Whistler, Mahone y McGrady escapan de Sona, pero no todo sale según lo planeado y el intercambio se ve comprometido.

LJ y Whistler son intercambiados, pero más sorpresas surgen. Mientras tanto, los planes de T-Bag finalmente tienen éxito.

Michael, Mahone, Sucre y Lincoln intentan ingresar a la casa donde se encuentra guardada Scylla. T-Bag y Sancho se dirigen a San Diego en el desierto.