Sayid, arrepentido por lo que hizo a Sawyer, decide irse por la isla. En medio de otra playa encuentra un cable, que al seguirlo lo conduce a un trampa donde pierde el conocimiento. Al despertar se encuentra atado a una cama, en una habitación con una mujer, Danielle Rousseau. Al hablar con ella, Sayid se da cuenta de que esa es la mujer francesa del mensaje de auxilio. Ella le cuenta de que llegó a la isla con una expedición, entre ellos su amor. Y no hace más que hablar de “Alex”. Cuando la mujer sale de allí, Sayid aprovecha para liberarse y escapar. Cuando en medio del bosque se encuentra con Rousseau, Sayid la convence para que no le dispare. Cuando Rousseau decide marcharse, Sayid la pregunta quién es Alex. “Es mi hijo”. Mientras Hurley decide montar un campo de golf en una explanada de la montaña. Y a todos les parece una buena idea ya que está bien para distraerse. Los flashbacks muestran la vida de Sayid, soldado de la Guardia Republicana. Él se enamora de una prisionera a la que mandan ejecutar, Nadia. El día de su ejecución, Sayid la ayuda a escapar, teniendo que matar a un soldado y disparándose a él mismo. Cuando Sayid estaba con Rousseau, ésta le habló de unas voces que oye en el bosque y de “Los Otros”. Sayid pensaba que estaba loca, pero cuando logra escapar, al cruzar el bosque, empieza a escuchar voces y susurros...

Claire tiene una pesadilla en la que su bebé desaparece y, cuando despierta, tiene sangre en las manos. Charlie ofrece su amistad a la joven, pero ella lo rechaza y a la noche siguiente vuelve a despertarse creyendo que alguien quiere hacer daño a su bebé. Para tratar de descubrir si eso es cierto, Jack decide hacer una lista de los supervivientes. Boone propone que sería más sencillo que Sawyer les diera la lista del avión. Una vez en manos de Jack, descubre que hay una persona con ellos que no iba en el avión

Los supervivientes se preguntan por qué y quién ha secuestrado a Charlie y Claire. Las sospechas giran entorno a Ethan Rom, un nuevo superviviente que ha sido descubierto y que no es un pasajero del avión que se estrelló. Por otro lado, Jack combate con su pasado y los recuerdos de su padre, mientras Boone y Locke descubren otro misterio en la isla.

De entre la selva aparece Locke, que trae a Claire entre los brazos. Jack intenta que recobre el conocimiento. Al despertar, la chica no recuerda nada de lo que ha pasado. Poco después, y mientras camina por la selva junto a Jin, Charlie es golpeado en la cabeza por una piedra. El autor de la agresión es Ethan, que amenaza a Charlie con matar a un superviviente cada día si no le devuelven a Claire.

El hijo de Claire, Aaron, está enfermo. A pesar de los cuidados, Jack no sabe muy bien lo que tiene el niño.Para Rousseau, el origen de la enfermedad de niño está en lo que le sucedió a Claire cuanto fue capturada por "Los otros". Pero como la joven no recuerda nada, no pueden averiguar lo que le ocurrió durante ese tiempo. Claire no renuncia a saber lo que le ocurre a su hijo, por lo que le pide a Lily, que es psicóloga clínica, que le ayude a averiguar que es lo que pasó mientras estaba retenida por “Los otros”. La mujer sólo recuerda que estuvo en un laboratorio. Y esta información hace que Claire y Kate presionen a Rousseau -que parece conocer el lugar donde se encuentra el laboratorio-, para que vaya hasta allí y consiga algún remedio para la extraña enfermedad de Aarón. Flash backs de Claire Claire empieza a recordar el tiempo que se pasó en cautiverio, lo que la hicieran a ella y al bebe y como consiguió escapar

Jack, Kate y Sawyer empiezan a descubrir a qué se enfrentan como prisioneros de "Los Otros".

La situación límite a la que han sometido "los otros" a Jack, hace que interrumpa la operación de Ben, a cambio de que dejen escapar a sus amigos. Mientras, Kate y Sawyer con la ayuda de Álex (Tania Raymonde), consiguen escapar de sus captores. Juliet recuerda su pasado como médico investigadora en fertilidad y la oferta que la llevó hasta su nuevo "hogar" en la isla.

Cuando Nikki y Paulo aparecen "muertos", los supervivientes intentan comprender que ha ocurrido entre ellos. Alguno no les conoce y, otros piensan que ha sido "el monstruo" o "los otros". Durante la investigación, la verdad sobre la desaparición de Sun sale a la luz. Al tiempo, se revela la relación de Paulo y Nikki, donde trabajaban antes del accidente y por qué estaban juntos en la isla.

Jack vuelve a la playa, teniendo bajo su protección a Juliet, que crea cierta desconfianza entre los supervivientes, sobre todo entre Sayid y Sawyer. Juliet trata de buscar la manera de ser aceptada por el grupo, al tiempo que recuerda cómo fue llevada a la isla y los tres años que lleva. Juliet tendrá su oportunidad cuando Claire, accidentalmente, ha desarrollado una enfermedad, que solo ella puede paliar, pero, ¿acaso la actuación de Juliet no obedece a un plan preconcebido por Beb?.

Los supervivientes que quedan en la isla empiezan a sentir los efectos provocados por el traslado de la isla, y Jack y Ben se ponen en acción para intentar reunir a los seis de Oceanic y regresar a la isla con el cadáver de Locke, en un intento de salvar a sus compañeros perdidos.

Cuando Sawyer deja el templo, Kate y Jin son enviados para traerlo de vuelta. Mientras tanto, los Otros determinan que Sayid está infectado e intentan envenenarlo. En la realidad paralela, Kate lleva a claire al hospital.