Junior Soprano no está muy contento últimamente ya que, aunque Christopher y Brendan devolvieron a Comley la mercancía robada, éste le dió las gracias a Tony pero no a Junior. Además, Mikey Palmice advierte a Junior que si Tony no hace pronto algo con esos dos chicos, alguien lo hará por él, pero Tony está ahora centrado en Jackie Aprile, que está en el hospital muy enfermo. Por si fuera poco, Tony tiene más preocupaciones. Por un lado se siente culpable por Artie y Charmaine Bucco, quienes siguen investigando el caso del incendio del Vesuvio, y por el otro, está inquieto ya que Carmela está haciendo de su casa un hospital benéfico. Para colmo, tiene problemas con el judío que accedió a entregarle el 25% de su motel si Tony le ayudaba a conseguir el divorcio de su hija. Mientras, Christopher y Brendan consideran los inconvenientes de conseguir algo de droga para Meadow y Hunter y así ayudarlas a estudiar un examen, algo que volverá a crearles un conflicto con Junior.

Tony no ha dormido bien ya que ha tenido sueños extraños. Esta vez no han sido pesadillas como las de los patos, sino sueños un poco picantes con la doctora Melfi. Después siente curiosidad por todo lo relacionado con ella, y comienza a investigar sobre su vida. Para ello, acude a Vin Makazian, un detective enganchado al juego, que puede ayudarle a conseguir información, pero éste, creyendo que Melfi es una de las amantes de Tony, decide dar una paliza al hombre con el que la doctora había quedado. Mientras, Christopher, después de salir del hospital, está desesperado ya que piensa que Tony se la tiene jurada por haberle dado a Meadow la droga. Cuando va en busca de Brendan para hallar respuestas, lo encuentra en la ducha herido, algo que provocara un conflicto entre Tony y Junior. Además, Carmela amenaza a Tony con abandonarle si deja la terapia, y Anthony Jr tiene una pelea en el colegio, lo que le llevará a descubrir cosas sobre su familia con las que no contaba.

Tony tendrá que asumir que su madre y su tío planean acabar con él. Junior está de acuerdo con Tony en que Jimmy Altieri lleva un micrófono oculto, por lo que le da su consentimiento para que haga con él lo que crea conveniente. Abandonan el cuerpo de Jimmy acribillado a balazos en un callejón como claro aviso de lo que le ocurre a los hombres que hacen tratos con el FBI. El FBI hace llamar a Tony para que escuche una cinta en la que Livia y Junior planean jugársela. Además, ahora es consciente de que su madre y su tío saben que está yendo a una psiquiatra, por lo que avisa también a la doctora Melfi de que su vida puede correr peligro y de que ha de salir de la ciudad, y avisa a los chicos del plan que los dos miembros de su familia traman en su contra.

Tony, Christopher y Paulie viajan a Italia por negocios. Carmela debe reflexionar sobre su propia situación cuando la mujer de Pussy comienza a hablar de divorcio. Mientras, Pussy emprende acciones poco legales contra un viejo amigo cuando descubre que éste está manteniendo conversaciones con el FBI.

Tony se da cuenta que ir a la cárcel no sería tan malo, como lo que tiene que hacer para evitarla.

¿Y que se puede hacer con Richie Aprile?. No es una pregunta retórica. Y tendrá que ser contestada pronto porqué pone a Tony muy nervioso. Sigue vendiendo drogas en las rutas de los basureros y ha empezado a meterse en territorios donde los otros capos tienen su zona. Y mientras Richie va diciendo por ahí que su futuro cuñado no le corresponde con suficiente respeto, para Tony es muy distinto: "Aquellos que quieren respeto muestran respeto". ¿Por qué Tony no quiere a A.J. y Meadow cerca del tío?

Después de varios meses sin ataques de pánico, Tony acaba otra vez en el suelo de la cocina. La causa es haber conocido al nuevo amigo de Meadow, Noah, que es afroamericano y judío. Tony lo ha echado de casa pero Carmela le advierte que con esa actitud solo va a empeorar la situación. Tony también tiene otros problemas, el juicio se acerca y va a ver a su madre para convencerla de que no testifique contra él. Pero todo acaba como de costumbre, con Livia llorando y Tony saliendo con un portazo. Poco después, Tony recibe una noticia: Livia ha muerto mientras dormía. Janice regresa a la ciudad e intenta convencer a sus hermanos, Tony y Barbara, de hacer un funeral por su madre, a pesar de que ésta deseaba lo contrario. El intento de Janice de hacer a todos recordar a Livia como un ser querido no sale como ella esperaba y estos se sinceran sobre lo que de verdad pensaban sobre ella. Tony va a ver a la Dr. Melfi y también se sincera: en realidad, se alegra de lo que ha pasado porque le va a librar de algunos problemas. También entonces ocurre algo imprevisto: Raymond Curto es un traidor.

Tony no termina de estar contento con la terapia, pero la Dra. Melfi le asegura que de verdad puede ayudarle sin confía plenamente en ella. Pero el problema de Tony es que cada vez más gente sabe que está viendo a un psiquiatra y eso no es bueno para su imagen. Christopher ya es un hombre de confianza, pero ha empezado a apostar (y a perder) y ahora debe 2000 dólares a Paulie. Para resolver el problema, decide robar la recaudación de un concierto de la cantante Jewel utilizando a Jackie Jr. como conductor. A Tony no le hace mucha gracia, pero al menos le ha devuelto el dinero a Paulie. De todos modos, habla con Jackie Jr. para decirle que se aleje del negocio para cumplir la promesa que le hizo a Jackie Sr. antes de morir. Continúan los problemas con Meadows por su novio y Janice y Svletlana, la asistenta de su madre, se enzarzan en una pelea con robo de una pierna ortopédica de por medio. Tony comienza a hacer progresos de verdad con la Dra. Melfi y descubre que es lo que activa sus ataques, la carne. Tony recuerda el día de su primer ataque: su padre le había cortado en su presencia un dedo al señor Satriale y después vio como su madre preparaba los filetes que éste vendía. Tony continúa traumatizado por la primera vez que experimentó el cruel mundo al que pertenecía su padre y también por el miedo de participar alguna vez en él.

La Dra. Melfi no está segura segura si debe seguir tratando a Tony. Pero todos sus planes se trastoca cuando una noche es violada en el parking de la consulta. El asaltante queda libre por un tecnicismo y ella esta indignada. Sabe que si se lo dice a Tony, éste se encargará rápidamente de él, pero al final decide no hacerlo para tener su conciencia tranquila. Tony tiene otro tipo de problemas. Unos mafiosos rusos asaltan a Janice para obligarla a revelar donde esconde la pierna ortopédica de Svetlana y la mandan al hospital. Tony sabe que todo es culpa suya pero también que las cosas no pueden quedar así porque no deja de ser su hermana y él tiene una reputación que mantener. Todo esto y la vuelta de Meadows, que no termina de reconciliarse con su padre, hacen que cometa un error y diga algo en su sótano de lo que quizás los federales puedan sacar partido.

Ralph se está volviendo cada día más violento, aunque eso no impide dejar embarazada a una de las bailarinas del Bing, Tracee. Meadows y Noah consuman su relación, y acto seguido éste rompe con ella porque es demasiado negativa. Las cosas se complican para Tony después de golpear a Ralph porque éste le dio una paliza mortal a Tracee y los chicos saben que eso tendrá consecuencias. La terapia con Carmela y Tony comienza a funcionar y éste empieza a compartir sus sentimientos.

Tony conoce a una mujer, Gloria, en la consulta de la Dra. Melfi después de que ésta los citara a los dos por error y comienza una relación que solo le podrá traer problemas debido al carácter de ella. Ralph y Tony siguen sin llevarse bien, pero cuando Gigi muera de un infarto, Tony no tendrá más remedio que ascenderlo como jefe de los Aprile. Meadows y Jackie Jr. comienzan a salir y su relación pasa por altibajos. El tío Junior se somete a la quimioterapia, pero el resultado no es bueno.

Meadows y Jackie son pareja oficial, lo que gusta a Tony y Rosalie pero no a Carmela. AJ es culpado de vandalismo, pero no es expulsado porque tiene que jugar un partido importante. Jackie comienza a operar por su cuenta y ofrece protección a un camello para actuar en el nuevo club de Chris y Adrianna. Tony advierte a Jackie que no entre en el negocio, pero éste no le hace caso. Ahora a Carmela le parece buena idea que salga con Meadows (que está loca por él), pero Tony se da cuenta de que no eso lo que quiere para su hija. Gloria y Tony continúan su relación y ésta revela a la Dra. Melfi que se intentó suicidar después del fracaso de su última relación.

Tony le explica a la Dra. Melfi que no puede dejar de pensar en Gloria, a lo que ella le responde que lo que él siente es un amor loco, una pasión incapaz de controlar que se consumirá en poco tiempo. Gloria conoce a Carmela y curiosa la lleva a casa en su coche, intentando averiguar todo lo posible sobre su vida. Cuando Tony se entera, le deja claro que han terminado. Pero Gloria tiene un ataque de nervios y lo amenaza con contarle su aventura a Carmela, lo que lleva a Tony a casi estrangularla. Poco después, Patsy le dejará claro que si vuelve a ver a Tony, su cara y su pistola serán lo último que verá. Carmela tiene sus propios problemas, incluyendo una alteración hormonal y un cargo de conciencia. Se quita sus joyas y su anillo de casada y decide hacer algo con su vida sin Tony. Jackie intenta demostrar a todos que tiene lo que hace falta. Pero la jugada le sale mal y acaba disparando a varios hombre de la familia e hiriendo a Furio en la pierna. Christopher quiere acabar con él, pero Tony decide que sea Ralph el que decida. Este tendrá que tomar una dura decisión, porque Jackie es el único hijo de Rosalie, su mujer.

AJ es descubierto copiando y es expulsado de la escuela. Tony cree que lo mejor es enviarlo a una escuela militar, pero Carmela está en contra. Ralph afirma no saber en donde se esconde Jackie, que intenta que Tony lo ayude. Vito lo encuentra y le pega un tiro en la cabeza. En el funeral, mientras observa su cuerpo, Carmela se da cuenta de que quizás haya que hacer algo drástico para salvar a su hijo. Meadows está devastada, aunque se enfada cuando la hermana de Jackie revela delante de un extraño que su muerte se ha debido a un ajuste de cuentas de la mafia y no de unos traficantes de drogas. Los federales aparecen y arrestan a Silvio y a Chris, mientras que Paulie y el tío Junior se quitan de en medio. Johnny Sack le sugiere a Paulie que quizás él puede sustituir a Tony en poco tiempo. Meadows se emborracha y tras discutir con su padre, sale huyendo en el coche con Tony tras ella.

Tony y Carmela se muestran muy preocupados por la economía familiar. Adriana, ignorando para quién está trabajando, lleva a Danielle, su nueva amiga, a la cena del domingo de los Soprano. Por otro lado, Tony le da a Christopher la oportunidad de vengar el asesinato de su padre.

Un grupo de americanos nativos planean protestar en el tradicional desfile anual del día de Cristóbal Colón. Ante esta situación, Sylvio y Ralphie intentarán tomar medidas y buscarán la manera de entrar en acción. Por otra parte, Bobby sufrirá una enorme tragedia. A su vez, Paulie continuará pasando información a Jonny Sack en la cárcel. Janice dejará de lado su enfrentamiento con Ralphie.

Entre Ralphie y Jonny Sack comienza a aumentar la tensión después de que se hicieran públicos los groseros comentarios de Ralphie acerca de la esposa de Jonny. Tony se siente forzado a planear un golpe a Jonny, a la vez que Jonnhy intenta una respuesta de Ralphie acerca de su actuación. Mientras tanto, Carmela visita la nueva casa de Furio, donde descubrirá su atracción hacia él.

Zellman explicará a Tony que aún se ve con su antigua novia, algo que complicará mucho la situación entre ellos. Por otro lado, Adriana tratará de convencer a Cristóbal para contraer matrimonio y, de esta manera, cumplir su deseo y aliviar las esperanzas de que cese la búsqueda de la Brigada de Investigación Criminal que pesa sobre ella. Por otra parte, Paulie saldrá de la cárcel y acordará una nueva cita con Johnny Sack.

Tony comenzará una relación con la última novia de Ralph y aprenderá algunos secretos curiosos y sorprendentes sobre éste. Carmela, por su parte, cogerá por necesidad algo de dinero en efectivo de Tony y Paulie decidirá mandar a su madre a una residencia para ancianos. Furio viajará hasta Italia, a la casa de su padre, y le explicará sus sentimientos por Carmela. Su progenitor le dará valiosos consejos y él decidirá si los acepta o no.

Junior se dará cuenta en el Palacio de Justicia de que tiene una buena oportunidad para introducir una nueva defensa en el juicio. Ralph comienza a reflexionar sobre su vida tras el grave accidente que sufre su hijo mientras practica tiro con arco. Al mismo tiempo, se provoca un incendio de origen misterioso en el establo que ocasionará la muerte del caballo favorito de Tony. Ralph y Tony protagonizarán un enfrentamiento cruel y sangriento.

Tony decide pedir ayuda a Jonny Sack justo cuando su equipo comienza a preguntar por Ralph y su, repentina y misteriosa, desaparición. Por otra parte, Tony obligará a Cristóbal a continuar su rehabilitación, después de que las drogas le hayan dejado fuera de control. Pero, inesperadamente, la terapia de grupo desembocará en una reyerta. Furio, a la vuelta de su viaje, se comportará extremadamente frío con Carmela, siguiendo los consejos de su padre.

Furio tomará la decisión de dimitir y alejarse de los Soprano y vuelve a Italia dejando a Carmela, abatida, deprimida y enfadada. Paulie intentará demostrar su lealtad a la familia Soprano, pero las circunstancias no se lo pondrán nada fácil. Por otra parte, Tony comienza a tener problemas económicos debido a la contienda que mantiene abierta con Nueva York. Aprovechando esta situación, Johnny Sack se acercará al capo para hacerle una suculenta oferta que puede solucionar todos sus problemas.

Adriana es interrogada y presionada por los agentes del FBI y comienza a plantearse confesar y explicar todo lo que sabe. Sin embargo, un enorme sentimiento de culpabilidad la invade. Mientras, Tony prepara una fiesta de bienvenida a su primo al que acaban de conceder la libertad condicional. Por otra parte, recuerdos no demasiado buenos acechan las mentes de Paulie y Christopher.

Tony B hace decide abrir su propio negocio de masajes y dejar atrás todos sus malos hábitos. Sin embargo, una misteriosa bolsa repleta de dinero le tienta a volver a los viejos tiempos. Por su parte, Carmela está ilusionada con su nueva relación con el jefe de estudios de su hijo, A.J, quien no atraviesa el mejor momento con sus padres. Carmela y Tony vuelven a discutir.

Tony Blundetto recibe la oferta de unirse a Carmine a través de sus hombres y así éste podría vengarse del equipo de Johnny Sack. Blundetto acepta la oferta ya que desea obtener más dinero y estaba viviendo una temporada algo aburrida. Por su parte, Carmela y Tony vuelven a vivir un romántico encuentro, después de que ella le invite a la fiesta sorpresa que tiene preparad para el cumpleaños de su padre.

Durante un partido de fútbol en el que jugaba su hijastra, Janice ataca sin piedad a una de las madres. Inquieta por este ataque, decide acudir a unas clases de relajación para controlar su furia. Por otra parte, Tony y Christopher superan sus diferencias al tener que hacerse cargo de unos cadáveres que pueden incriminarles. Tony deberá mantener la calma al descubrir las verdaderas intenciones de Johnny Sack.

Tony está preocupado por cómo puede afectar el tema de Johnny Sack a las relaciones de New Jersey y Nueva York. Eugene acaba de heredar una gran suma de dinero, aunque no puede usarla como le gustaría. Y Carmela está inmersa en diversos problemas de construcción.

Tony está inconsciente. Mientras él tiene sueños comatosos en los que es un simple civil, su convalecencia crea un vacío de poder que es difícil de asumir, aunque son varios los que estarían dispuestos a llenarlo.

Con Tony fuera de servicio, los problemas crecen. AJ se ha vuelto más rebelde, y cada vez es más problemático y más difícil de controlar. Vito y Paulie discuten acerca de un negocio reciente y Christopher vuelve a intentar entrar en el negocio del cine.

A Tony le preocupa que le vean como alguien débil ahora que está recuperándose. Por otra parte, Johnny Sack solicita salir de la cárcel para poder asistir a la boda de su hija. Un encuentro en un club deja a Vito agitado.

Tony consigue la ayuda que necesita de Italia para el golpe Rusty. Vito se lamenta después de que su doble vida se haya descubierto, y Tony debe de decidir su destino.

Tony saca provecho de la crisis financiera de Johnny Sack. Bobby Bacala sufre daños en un ojo. Janice se enfrenta a Tony por el trato que le da a ella y a Bobby y Vito comienza a echar de menos su antiguo modo de vida.

Carmela tiene una nueva filosofía de la vida mientras está en París con Rosalie. Phil exige a Tony que saque a Johnny Sack de la cárcel, éste, por su parte, decide dar un ultimátum a AJ. Por otro lado, Meadow decide mudarse a la costa oeste.

Llega el día de la proyección de la película de Chris. Carmela encuentra similitudes entre Sally Boy y su marido y pregunta a Tony si son ciertas las cosas que se ven en el filme. Él lo niega y Carmela decide hablar también con Christopher sobre la película. Éste, por si acaso, dice al guionista que si Tony pregunta, le diga que fue suya la idea de que Sally Boy se ligara a la prometida del protagonista. Tony y Carmela, como buenos padrinos, asisten al bautizo del hijo de Chris y Kelli, pero Tony se pregunta, en su sesión con la doctora Melfi, por qué Christopher lo odia tanto. Johnny Sack consigue traer a un oncólogo para que le ofrezca un diagnóstico. El médico le da tres meses de vida, lo que destroza a Ginny y a su hija. Por otro lado, Phil Leotardo celebra el que debería de haber sido el 47º cumpleaños de su hermano Bill.

Tony y Christopher conducen hacia la casa de Phil, para hablar con él de un porcentaje que les reclama. Chris se muestra muy nervioso y conduce de una forma temeraria. Finalmente el coche se sale de la carretera y sufren un accidente. Tras el choque, Chris pide a Tony que le ayude, ya que no pasará los controles de drogas, y Tony toma una dura decisión. Asfixia a Christopher. Ya en el hospital, Tony llama a su mujer y le cuenta lo ocurrido, incluida la muerte de Chris. Pronto se extiende la noticia del positivo en cocaína y de que el conductor no llevaba puesto el cinturón. Tony se marcha a Las Vegas a olvidarse de este asunto tan feo.

El agente Harry advierte a Tony de que Phil va a por él. Por este motivo, decide reunirse con Bobby y Silvio y resuelven dar ellos el primer golpe. Par ello encargan a los italianos el trabajo. En el bando contrario, los hombres de Phil debaten si ir a por Tony solo, o también a por Bobby. Mientras se deciden, los italianos se plantan frente a la casa de Phil para cumplir el encargo. Tocan a la puerta y matan a un hombre de pelo blanco y a una chica. Más tarde se dan cuenta de que han cometido un error y que no era Phil, ya que éste ha huido. Bobby es atacado en la estación del tren por dos tiradores. Mientras tanto, Silvio y Patsy son asaltados por Petey B. y Ray-Ray

Tony y Phil están escondidos y quieren matarse el uno al otro. Anthony Junior confiesa su intención de alistarse en el ejército y Meadow insiste en no seguir con su carrera.