Will Schuester, profesor de Español y antigua estrella del coro Club Glee, se hace cargo del actual coro, el Club Glee, de la escuela McKinley con la esperanza de devolverle su antigua gloria. Los integrantes del coro son un grupo de inadaptados a los que Will deberá convertir en un equipo de cantantes. El grupo está originalmente constituido por: Rachel Berry, desesperada por la fama; Mercedes Jones, una chica negra con sobrepeso y aires de diva; Kurt Hummel, que pone en evidencia tanto su talento como una meticulosidad y un afán por la moda que provocan que finalmente revele su homosexualidad posteriormente; Artie Abrams, toca la guitarra eléctrica y va en silla de ruedas; Tina Cohen-Chang, una muchacha china-americana, gótica y tartamuda. Will descubre que Finn Hudson, quarteback del equipo de futbol americano, tiene un talento secreto para cantar y le chantajea para que se una al club. Mientras tanto, Terri, la esposa de Will, le obliga a buscar un trabajo mejor remunerado en pos de su futura vida familiar. Él considera dejar su trabajo y el compromiso con el coro Club Glee, pero, aconsejado por otra profesora, Emma Pillsbury (secretamente enamorada de Will), retoma la dirección del coro, con la esperanza de ganar la liga Nacional.

Will decide formar un grupo masculino de baile y música a capela, dejando un poco de lado el coro. Sus alumnos suplen su ausencia contratando al severo coreógrafo profesional Dakota Stanley, que será muy duro con ellos. Mercedes empieza a sentir algo especial por Kurt.

La victoria en las Eliminatorias ha hecho que el club Glee se sienta más relajado, pero el director Figgins no va a seguir financiando el coro si no ganan los Regionales. Sue va a impedirlo por todos los medios, y para ello se entrometerá entre Finn y Rachel.

En un episodio dirigido por Joss Whedon, ganador del premio Emmy, el antiguo rival del señor Schuester en el instituto, Bryan Ryan, causa problemas al Glee Club.

El señor Schuester anima a los chicos del Glee Club a expresarse a través de la música de Lady Gaga. Mientras tanto, Tina explora su lado gótico.

Después de que Vocal Adrenaline les asuste con un nuevo número musical, los miembro del Glee Club están convencidos de que no tienen nada que hacer contra ellos. Además, Will comenzará una venganza contra Sue que no terminará bien.

Ha llegado el momento que Nuevas Iniciativas estaba esperando: ¡el concurso estatal! Pero tras el juego sucio de Sue, sus posibilidades de ganar podrían peligrar.

Finn le rompe la nariz a Rachel de forma accidental durante un ensayo de baile. La campaña para convertirse en reina del baile se caldea entre las chicas.

Nuevas Iniciativas va a Nueva York para participar en el concurso nacional de coros, donde se enfrentan de nuevo a Vocal Adrenaline y al resto de coros ganadores del país.

Mike está bajo presión para dejar Nuevas Iniciativas; Rachel y Mercedes se volverán a enfrentar una vez más por el papel principal de la obra escolar que hasta ahora tiene resultados inciertos.

Rachel y Blaine, junto a sus novios, piensan en adoptar medidas importantes sobre perder su virginidad.

New Directions compite en las nacionales de 2012, realizada en Chicago, Illinois, Ellos compiten frente a los jueces interpretados por Lindsay Lohan, Perez Hilton y Rex Lee.