Will Schuester, profesor de Español y antigua estrella del coro Club Glee, se hace cargo del actual coro, el Club Glee, de la escuela McKinley con la esperanza de devolverle su antigua gloria. Los integrantes del coro son un grupo de inadaptados a los que Will deberá convertir en un equipo de cantantes. El grupo está originalmente constituido por: Rachel Berry, desesperada por la fama; Mercedes Jones, una chica negra con sobrepeso y aires de diva; Kurt Hummel, que pone en evidencia tanto su talento como una meticulosidad y un afán por la moda que provocan que finalmente revele su homosexualidad posteriormente; Artie Abrams, toca la guitarra eléctrica y va en silla de ruedas; Tina Cohen-Chang, una muchacha china-americana, gótica y tartamuda. Will descubre que Finn Hudson, quarteback del equipo de futbol americano, tiene un talento secreto para cantar y le chantajea para que se una al club. Mientras tanto, Terri, la esposa de Will, le obliga a buscar un trabajo mejor remunerado en pos de su futura vida familiar. Él considera dejar su trabajo y el compromiso con el coro Club Glee, pero, aconsejado por otra profesora, Emma Pillsbury (secretamente enamorada de Will), retoma la dirección del coro, con la esperanza de ganar la liga Nacional.

Sue presiona a Will para que abandone el coro y le recuerda que el reglamento exige un mínimo de 12 componentes para participar en el campeonato regional. Para atraer a nuevos talentos, preparan una actuación en el instituto, pero la canción elegida crea discrepancias.

Will decide formar un grupo masculino de baile y música a capela, dejando un poco de lado el coro. Sus alumnos suplen su ausencia contratando al severo coreógrafo profesional Dakota Stanley, que será muy duro con ellos. Mercedes empieza a sentir algo especial por Kurt.

Kurt decide inscribirse en el equipo de fútbol americano del instituto para tapar las sospechas de su padre sobre su sexualidad. Quinn le dice a Finn que está embarazada y que el hijo es de él. Sue se alía con Sandy, el ex director del coro, para conspirar contra Will.

Tras la baja de Rachel del coro, Will no sabe cómo suplir a la cantante principal. Cuando descubre que cualquier alumno que no se haya graduado puede formar parte del club, recurre a April Rhodes, una ex compañera suya de gran talento que jamás acabó los estudios.

Los miembros del coro empiezan a estar demasiado seguros de sí mismos y dejan de esforzarse en sus actuaciones. Para motivarlos, Will decide fomentar la competitividad proponiendo un concurso de chicas contra chicos en el que cada equipo deberá remezclar dos canciones.

Sue trata de provocar la discordia entre los miembros del Glee Club, pero el verdadero enfrentamiento comienza cuando ella y Will deben ir a la oficina del director.

Puede que Artie no pueda viajar con el grupo a la competición, así que Will reta a los chicos a experimentar la vida desde un punto de vista diferente.

Will divide el Glee Club en parejas para cantar baladas. Pero cuando alguien se pone enfermo, Will se ve obligado a intervenir y termina en una complicada situación.

Llega el momento de las fotografías del anuario escolar y los miembros del club Glee tienen miedo a ser víctimas de las burlas del resto de la escuela. Rachel intenta motivarlos haciéndoles participar en un anuncio de colchones, lo que trae sus consecuencias negativas para el club y para su director. Will descubre que Terry no está embarazada y se separa de ella.

El club Glee debe enfrentarse a la competición eliminatoria con la ausencia de Will y con la trampa tendida por Sue, que ha revelado a sus competidores la lista de temas que interpretarán por lo que en el último momento deben cambiar el repertorio. Finn se entera de la mentira del embarazo, lo que desestabiliza al club. Will se da cuenta de sus sentimientos por Emma y antes de que se vaya decide confesarle sus sentimientos.

Cuando un problema en la gargante impide a Rachel cantar en condiciones, se pone de manifiesto el poco esfuerzo que ponen el resto de miembros del Glee Club en los ensayos. Por eso, Will les hará enfrentarse, individualmente, a sus compañeros cantando una canción que refleje el momento que están viviendo.

El señor Schuester anima a los chicos del Glee Club a expresarse a través de la música de Lady Gaga. Mientras tanto, Tina explora su lado gótico.

Ha llegado el momento que Nuevas Iniciativas estaba esperando: ¡el concurso estatal! Pero tras el juego sucio de Sue, sus posibilidades de ganar podrían peligrar.

La caza nazis y madre de Sue, Doris Sylvester (Carol Burnett) hace una visita debido a la boda de Sue con ella misma, Finn y Kurt se preparan para el matrimonio de sus padres, y la administración tiene una postura en contra de Karofsky, quien conduce a Kurt dejar la secundaria McKinley.

Está planeada una gran actuación en el descanso del partido de fútbol americano en el instituto McKinley. Los animadores de Sue tienen problemas en el estatal.

El director Figgins le pide a los miembros del club Glee que canten en la fiesta de graduación del colegio McKinley [pese a las objeciones de la coordinadora del baile (Sue)]. Mientras tanto, en el concurso para elegir al rey y a la reina del baile se calientan los ánimos.

Nuevas Iniciativas va a Nueva York para participar en el concurso nacional de coros, donde se enfrentan de nuevo a Vocal Adrenaline y al resto de coros ganadores del país.

Will asigna el proyecto Purple Piano («piano violeta») a Nuevas Iniciativas y Sue comienza su campaña para ocupar un puesto en el congreso. Blaine se traslada al Instituto McKinley y Kurt y Rachel se plantean su inscripción en una prestigiosa universidad de teatro y comedia musical.

El hermano mayor de Blaine, Cooper Anderson (Matt Bomer) hace su debut, 72 quien es un actor de Hollywood, llega a Lima para una visita a su hermano, y se queda un tiempo en la ciudad para dar una clase magistral a New Directions de actuación. Los miembros del club hacen un día de "graduados" en Six Flags. Y el destino de Quinn después del accidente es revelado.

Es un episodio dedicado a Saturday Night Fever, estelarizada por John Travolta, además de rendir homenaje a los Bee Gees, quienes escribieron la música para la película. 78 79 El episodio marca el regreso de Jonathan Groff, 80 y el debut de Alex Newell como Wade Adams/Unique.

Rachel y Kurt finalmente tienen la oportunidad de hacer una audición para la EADNY.

Brittany Pierce se siente triste y se refugia en la música de Britney Spears. Mientras tanto, a Rachel le cuesta adaptarse a la vida en Nueva York.

Nuevas Iniciativas deja atrás las eliminatorias y Finn reflexiona sobre su futuro con el club. Mientras, Kurt vuelve a tener otra oportunidad en una segunda audición.

A medida que el año 2012 se acerca a su fin, Sam y Brittany viven la vida al máximo antes del apocalipsis maya. Entretanto, Kurt tiene una Navidad que nunca olvidará.

Los chicos de Nuevas Iniciativas se preparan para el estatal. Sin embargo, ocurre algo inimaginable que les da otra visión del asunto.

La familia McKinley del pasado y del presente celebra la vida de Finn Hudson con interpretaciones de canciones como "Seasons of Love" y "Fire & Rain".

Los miembros de Nuevas Iniciativas salen de su zona de confort cuando se les pide que se definan como Katy Perry o Lady Gaga.

El Glee Club aprende a mover el culo. Entretanto, Marley descubre la relación entre Jake y Bree, y Rachel trata de convencer a Kurt para que se hagan tatuajes.

A punto de graduarse, los alumnos del último curso planean su futuro. Mientras, Nuevas Iniciativas rinde homenaje a Billy Joel interpretando canciones como "Movin' Out".

Los alumnos acusan a Blaine de ser demasiado controlador en su plan para ganar el nacional. Kurt también tiene problemas de control con el primer concierto de la banda.

Los miembros de Nuevas Iniciativas viajan a la soleada ciudad de Los Ángeles para competir en el nacional y se llevan a dos invitados especiales.

Miembros actuales y pasados de Nuevas Iniciativas se reúnen para realizar nuevas interpretaciones de sus actuaciones favoritas, que incluyen "Toxic" y "Valerie".

April y Holly urden un plan para salvar a Nuevas Iniciativas a medida que se vislumbra el destino del Glee Club. Mientras, Rachel y Santana tratan de hacer las paces.

Se acerca una gala de coros invitados y Sue se esfuerza por sabotear a Rachel y a Will, por no mencionar la relación entre Blaine y Karofsky.

Cuando la Academia Dalton sufre un incendio, los Gorriones deben combinarse con Nuevas Iniciativas. Rachel le ruega a Carmen Tibideaux que le deje regresar a la EADNY.

Nuevas Iniciativas y los Gorriones compiten en las eliminatorias. Rachel debe elegir entre volver a la EADNY o actuar en Broadway con un antiguo amor.

Nuevas Iniciativas vuelve al año 2009 y los miembros originales revelan por qué se inscribieron en el Glee Club.

En este emocionante broche final de la serie, el instituto McKinley se despide y los antiguos y actuales miembros del Glee Club dicen adiós para siempre.