El grupo Fringe viaja a Pennsylvania para investigar un túnel subterráneo lleno de restos humanos. Mientras tanto, Walter experimenta con viajes entre realidades usando ranas.

Peter, Walter, Olivia y Broyles persiguen un extraño y mortal suceso en Philadelphia, donde una bomba estalló en una estación de tren sin dejar rastro de ningún tipo de explosivo. El complejo e inexplicable grupo de circunstancias hacen volver a Walter a su laboratorio para examinar más de cerca los restos humanos para descubrir una energía improbable que causó la explosión. Con la explosiva amenaza de más bombas y enlaces a un proyecto militar clasificado, la intensa investigación conduce a Peter y Olivia hasta Iraq.

El equipo de Fringe viaja al estado de Seattle después de conocer un misterioso incidente que involucra a un hombre que atacó a su jefe porque creyó que era un demonio con cuernos de carnero. Como las piezas del puzzle continúan, el equipo explora sin descanso extraños y pavorosos enlaces a sueños. Buscando información adicional, el agente Broyles tiene una desconcertante reunión con Nina Sharp de Massive Dynamic que llevará la investigación hacia una increíble dirección.

Cuando una mujer perfectamente sana es encontrada muerta por una enfermedad que nunca había tenido, el equipo Fringe investiga el origen de esta inexplicable condición fatal antes de que cobre más víctimas inocentes. Mientras tanto, Olivia lucha por mantener el secreto de Walter sobre Peter, y su lealtad hacia Peter se ve puesta a prueba

El equipo Fringe investiga un ataque bioterrorista el cual dejó a un hombre muerto, sin huesos en su cuerpo, por lo que Walter lo relaciona con el proyecto Medusa en el que trabajó en la presidencia de Nixon. El equipo contacta con uno de los jóvenes que fue tratado con cortexipán y desarrolló habilidades de telepatía, con el propósito de leer la mente del terrorista que se encuentra en coma. Mientrass tanto, Nina Sharp descubre al autor de los tratados sobre la Primera Gente, y Olivia se entera de que Peter aun tiene sentimientos por Falsolivia.

El Secretario Bishop encuentra un método para eliminar las anomalías en su universo, para activarlo requieren una Jaula de Faraday. La división Fringe se entera de que su versión de la máquina fue activada a las 6:02 AM en el otro universo, y Walter supone que las dos máquinas están unidas a un entrelazamiento cuántico, con una máquina destrozando un mundo para estabilizar el paralelo.

Olivia viaja con Weiss para conseguir la caja y la llave que ésta contiene como palanca, Weiss explica que desciende de una familia de Weiss quienes han tratado de completar la información sobre las Primeras Personas y el dispositivo.Al abrir la caja encuentran que Olivia es la palanca para apagar el dispositivo. Walter descubre que las tormentas eléctricas se están produciendo entre Massachusetts y Nueva York, por lo que propone trasladar la máquina para Nueva York creando una sóla polaridad. Olivia apaga la máquina y Peter puede ingresar. Peter despierta en la ciudad de Nueva York 10 años después y ve que la Torre de la Libertad ya está construida en el 2021.