Emma Swan vive una vida solitaria y tranquila en Boston hasta que Henry, el hijo que dio en adopción cuando era un bebé, la encuentra y le pide ayuda. El chico cree que Emma procede de un mundo alternativo y que es la hija perdida de Blancanieves y el Príncipe Encantado. Emma no cree ni una palabra, aun así decide acompañar a Henry a su pueblo, Storybrooke, y allí se da cuenta de que los personajes de los cuentos están representados en la vida real.

Regina intenta echar a Emma de Storybrooke y de la vida de Henry para siempre. Mientras, se van sabiendo más cosas de la maldición que la Reina Malvada ha lanzado sobre el mundo de los cuentos.

Mary Margaret está muy sorprendida de los resultados al leer el libro de los cuentos a John Doe cuando le visita en el hospital. Mientras, en el mundo de los cuentos, Blancanieves y el Príncipe Azul se encuentran por primera vez.

Emma intenta ayudar a una joven embarazada que trata de huir de Mr. Gold. Mientras, en el mundo de los cuentos, Cenicienta se arrepiente de haber hecho un trato con Rumpelstiltskin.

Henry está convencido de que una explosión en una mina cercana es consecuencia de las cosas que está alterando la presencia de Emma. Regina se harta de las continuas insinuaciones de su hijo y amenaza con destruir a su psicólogo, el doctor Hopper, si no corta de raiz sus fantasías.

La vuelta al hogar de David no le provoca la felicidad que debiera. Sus sentimientos por Kathryn siguen ocultos por la amnesia y sin embargo, lo que siente por Mary Margaret le obliga a tomar una decisión. Mientras, en el mundo de los cuentos, el príncipe azul debe matar a un dragón para que su reino se gane el favor del rey Midas.

El sheriff Graham comienza a tener visiones sobre un lobo. Las siente tan reales que se convence de que en realidad es un recuerdo. Mientras, en el mundo de los cuentos, la madrastra de Blancanieves está dispuesta a asesinar a la hija de su difunto marido. Para ello contrata a un cazador acostumbrado a quitar vidas.

Los ciudadanos de Storybrooke siguen afligidos por la muerte del Sheriff Graham, y más aún lo está Emma, quien lo vió morir en sus brazos. Pero cuando Regina quiere convertir al corrupto editor en jefe del Daily Mirror, Sidney Glass (el Espejo Mágico), en el nuevo Sheriff de la ciudad, Emma tomará la decisión de postularse también, iniciando así un disputa entre los que apoyan a ambos candidatos: Regina y el Sr. Gold. Mientras tanto se va conociendo la vida de Rumpelstiltske y de como llegó a ser poseedor de su gran poder a fin de salvar a su hijo Baelfire de los horrores de la Guerra de los Ogros.

Emma hace un intento desesperado por ayudar a dos pequeños hermanos, Nicholas y Ava Zimmer (Hansel y Gretel), a encontrar al padre que nunca conocieron, de lo contrario ambos serán separados y enviados a distintos orfanatos. Mientras que en el Bosque Encantado dos niños no pueden encontrar a su padre tras ir a recoger leña y terminan cruzándose con la Reina Malvada, la que al ver su gran valentía y coraje les dará una misión a cambio de buscar a su perdido padre. Lo único que deben recordar para salir con bien es no comer nada por más apetitoso que parezca.

Tanto Regina como Emma encuentran sospechoso al Forastero recién llegado a Storybrooke y empiezan a investigarlo. David y Mary Margaret se siguen viendo "accidentalmente" todos los días a las 7:15 en la Cafeteria de la Abuelita, incluso aunque los encuentros se hayan convertido en algo doloroso para ambos. Mientras tanto el amor que el Príncipe James le profesa a Blanca Nieves es conocido por el Rey George, quien de inmediato hará todo lo posible para que la boda con la Princesa Abigail se lleve a cabo, incluso si para eso debe separar a los dos enamorados para siempre.

Emma se encuentra ayudando a un abatido Sidney, quien ha sido despedido del Daily Mirror, a buscar evidencia que podría exponer algunos actos de corrupción de Regina. Henry por su parte ha perdido su libro de cuentos, el cual ocultaba enterrado bajo su castillo de juegos, y encuentra peculiar la curiosidad que el Forastero tiene por este suceso. Mientras en el Bosque Encantado se revela como el Rey Leopold, padre de Blanca Nieves, encuentra al Genio de una lámpara y lo libera, invitándolo a vivir en su palacio. Invitación que la Reina Malvada sabrá aprovechar para sus propios planes.

Cuando un robo es perpetrado en la casa del Sr. Gold, Emma deberá encontrar al culpable antes que este haga justicia por su propia cuenta, ya que aunque la mayor parte del botín es recuperado, parece existir un objeto faltante de inmenso valor para el Sr. Gold. Mientras tanto en el Bosque Encantado la segunda Guerra de los Ogros requiere el sacrificio de la Princesa Belle, quien tendrá que ponerse bajo las órdenes de aquel considerado una bestia, Rumpelstiltsken, a cambio de la paz de su pueblo. Sin embargo, para Belle su estadía en su nuevo hogar será todo menos un sacrificio.

David se da cuenta que su amor por Mary Margaret es más fuerte y, finalmente, se compromete a poner fin a su matrimonio con Kathryn y decirle acerca de su relación secreta. Por otro lado Emma es llevada por el Forastero, quien dice llamarse August W. Booth, a beber a un lugar muy especial. Mientras en el Bosque Encantado se ve cómo el Príncipe James huye del Rey George y de su próxima boda con la Princesa Abigail, y tras un giro inesperado de los acontecimientos, se ve envuelto en la búsqueda de un agua milagrosa que devuelve a quien la bebe aquello que ha perdido.

Mary Margaret intenta ser aceptada nuevamente entre los habitantes de Storybrooke, y para ello se propone ayudar en la organización del Festival del Día del Minero. Junto al problemático Leroy (Gruñón) aceptarán la cosigna de vender las velas necesarias para salvar al Convento de la ciudad de un inminente desalojo. Por otro lado Emma investiga la desaparición de Kathryn, teniendo como principal sospecho a su esposo David. Al mismo tiempo se relata la historia del nacimiento de Gruñón, bajo el nombre de Soñador, su importante trabajo en las minas del Bosque Encantado, y su amor prohibido con la bella pero torpe hada Nova.

Una deprimida Ruby (Caperucita Roja), quien ha dejado la protección y el empleo con su abuela y desea irse del pueblo. Es contratada como asistente en la comisaría por Emma, con la esperanza que eso le ayude a sentirse útil. Por otro lado, David sigue siendo sospechoso en la desaparición (y ya posible asesinato) de Kathryn, sospecha que se verá acrecentada cuando presente episodios de confusión y pérdida de memoria. Mientras en el Bosque Encantado un feroz lobo está atormentando a todos sus pobladores, y más aún a Caperucita Roja, quien se siente atrapada por la sobreprotección de su abuela y sólo desea huir lejos con su gran amor Peter.

Emma se ve obligada a detener a Mary Margaret como sospechosa en el posible asesinato de Kathryn, después de haber encontrado sus huellas en un cofre que contenía un corazón humano. Tras hallar más pruebas en su contra y ver que todo le es adverso, el Sr. Gold será contratado para defenderla como su abogado. Mientras en el Bosque Encantado, el Príncipe James sigue su búsqueda de Blanca Nieves, sabiendo ahora que ella lo ama tanto como él a ella. Pero, tras seguir sus pasos sabrá que ese amor ha sido olvidado con la ayuda de una poción de Rumpelstiltsken, y ahora Blanca Nieves sólo busca vengarse de la Reina Malvada cueste lo que cueste.

Mary Margaret de repente desaparece de su celda en la carcel sin dejar rastro, y mientras Emma la busca por el camino que lleva fuera de Storybrooke, es secuestrada por un desequilibrado Jefferson (el Sombrerero Loco). Este mantiene los recuerdos de su vida en el Bosque Encantado junto a su muy querida hija Grace, y su vida en este mundo se ha convertido en un martirio para él, viendo a la pequeña feliz con otra familia. En el Bosque Encantado se cuenta cómo la Reina Malvada requiere los servicios de un hombre misterioso, poseedor de un sombrero mágico y único, para poder viajar al Mundo de las Maravillas y recuperar algo que la Reina de Corazones ha retenido de ella.

Mary Margaret es procesada por el fiscal Albert Spencer (Rey George) por el supuesto asesinato de Kathryn, suponiendo para ella un intento fallido para demostrar su inocencia. Emma por su parte continua tratando de reunir pruebas que demuestren que Regina ha incriminado a Mary Margaret en dicho asesinato. En el Bosque Encantado se relata el inicio del rencor de la Reina Malvada, su vida junto a su autoritaria madre, su gran amor por un humilde granjero de nombre Daniel, y su primer encuentro con Blanca Nieves, lo que la llevaría a quedar comprometida con el Rey Leopold y a ser alejada de su verdadera felicidad.

August pide la ayuda de Henry para poder ingresar sin ser visto a la tienda del Sr. Gold, sin embargo será un intento fallido y se verá entonces en la mira del Sr. Gold, quien buscará descubrir quién es y qué es lo que hace en Storybrooke. Por otro lado Mary Margaret no puede perdonar que David no haya creido en su inocencia, dándose cuenta que hay "algo" que no quiere verlos juntos. Mientras que en el Bosque Encantado sigue la historia de Rumpelstillskin, donde su hijo hará hasta lo imposible para que su padre vuelva a ser humano y así tener una vida normal a su lado, aunque para ello tenga que dejar atrás todo lo que conoce.

August promete enseñar a Emma como puede derrotar a Regina con el fin de obtener la custodia de Henry, para lo cual la llevará a un viaje que revelará la historia que ambos comparten. Por otro lado Regina sigue con sus planes, esta vez intentando seducir a David. Mientras en el Bosque Encantado la historia de Pinocho se pone de manifiesto, junto con una serie de acontecimientos que se produjeran antes que la Reina Malvada promulgase su maldición, en los que Geppetto estuviera de acuerdo con el plan de salvar a la hija de Blanca Nieves, pero con la condición de poder salvar también a su hijo.

En la tierra de los cuentos de hadas, Blancanieves recluta la ayuda de sus amigos para atacar a la Reina Malvada y salvar la vida del Príncipe Encantador. Mientras tanto Henry intenta convencer a Emma de quedarse en Storybrooke y Regina, con la ayuda de Jefferson, vuelve a sus viejos trucos con manzanas envenenadas con un sólo objetivo a la vista. Emma le dice a Henry que no cree en la maldición, pero cuando Henry ve la empanada de manzana que Regina le dio a Emma, la encara diciéndole que él sí cree, cree en ella. Para probar estas creencias Henry decide comer dicha empanada y probarle a Emma que la magia existe. Henry colapsando mientras Emma grita su nombre.

Tras lo sucedido con Henry, Emma comienza a creer en la maldición y forja una alianza con Regina para salvar la vida de Henry. Ambas llegan a pedir ayuda al Sr. Gold, quien les dice la única forma de salvarlo. Por otro lado Jefferson libera a Belle del cautiverio de Regina, en respuesta a que ella no cumpliera su acuerdo con él. Mientras en el Bosque Encantado el Príncipe James logrará escapar del palacio de la Reina Malvada, y mediante un pacto con Rumpelstiltsken emprenderá una última misión para esconder el único poder capaz de romper cualquier maldición, antes de encontrarse con su amada Blanca Nieves. Emma y Regina llegan tarde al hospital, cuando Henry ya había sido declarado muerto. Emma se siente destrozada y se despide de su hijo con un beso, el cual logra despertarlo y devolverle a todos en Storybrooke sus verdaderos recuerdos. Sin embargo siguen atrapados en un mundo sin magia, aunque no por mucho tiempo, ya que Rumpelstiltsken lleva a Belle al pozo de los deseos y deja caer en este la poción del verdadero amor, trayendo así la magia a este mundo.