Bones regresa de Guatemala mientras Booth finalmente es declarado apto para el servicio; Booth está ansioso por demostrar que está completamente recuperado, incluso aceptando ayuda de la psíquica de Angela. Las cosas toman un giro interesante cuando la psíquica les informa que hay una fosa común debajo de una fuente.

Un mensajero de diamantes que lleva un maletín es asesinado. El Departamento de Estado solicita discreción mientras investiga debido a preocupaciones de seguridad nacional. Mientras tanto, Wendell pierde su beca y Booth intenta volver a aprender técnicas de plomería.

Bones y Booth investigan el asesinato de un prodigio del piano amish.

Se encuentra un cadáver asado en una parrilla de barbacoa en una fiesta del vecindario y se identifica como el dentista desaparecido Kurt Bissette. No solo había molestado a los vecinos con su molino de viento y casi envenenar al perro de la pareja gay, sino que probablemente también era un chantajista. Trey Johnson, el apuesto jardinero joven de la sociedad de propietarios, no es el único que disfruta de la infidelidad de los residentes, que tampoco es el único secreto o motivo posible. Mientras tanto, el joven Parker parece preocupado por la falta de compañía femenina de Booth. Sweets descubre por qué Arastoo fingió su acento.

Brennan y Booth son llamados a investigar lo que parece ser restos humanos calcinados en una cerca eléctrica. El misterioso cadáver luego se determina que es un real egipcio momificado prestado al Jeffersonian. El misterio antropológico tiene a Brennan alterada, y cuando el curador del Jeffersonian que prepara la momia para la exhibición es asesinado, el equipo sospecha de juego sucio. La investigación de Brennan sobre el curador arroja nueva luz sobre la vida del real egipcio, convirtiendo su caso en uno de proporciones históricas. Mientras tanto, Brennan sale en una cita con el supervisor de Booth y ex becario, y la novia de Sweets, Daisy Wick, regresa al Jeffersonian.

When the remains of a local chicken farmer is found, the Jeffersonian team is brought in on the case. The team must question the farmer's many enemies in order to solve the case. Meanwhile, Angela launches her own animal-rights campaign.

Booth, aún sufriendo por su cirugía cerebral, debe volver a certificarse en puntería del FBI. Mientras tanto, el equipo investiga los restos de una persona de baja estatura descubierta en un sumidero. La víctima, Bryce DaFonte, también conocido como "El duende de hierro", competía en una popular liga de lucha, su popularidad le dejó muchos enemigos.

En la casa de Howard Fileman, que está a la venta, la agente inmobiliaria Katie Selnick y dos posibles compradores descubren un cadáver, carbonizado excepto por un pie gordo. La astuta ciencia forense muestra gradualmente que en realidad eran dos personas, un hombre gordo y la vendedora de PriceCo, Meg Tracy, quien recientemente perdió la mitad de su peso excesivo y se encontró con su amante en un club fetichista. Sin embargo, Seeley está muy distraído por una visita sorpresa de Hank 'Pops' Booth, quien salió de su hogar de retiro después de golpear a un enfermero y ahora intenta "corregir" la vida de Booth, pero en realidad perdió el control de la suya propia.

El cadáver del cartero Steve Rifton es encontrado sumergido en grasa caliente, por lo que está extremadamente descompuesto después de dos semanas. Había sido reportado como desaparecido durante tres meses. El hombre altamente inteligente tenía pasión por el videojuego Punky Pong. Recientemente perdió el récord mundial, el cual fue disputado amargamente. Tanto el motivo como los medios requieren varias teorías basadas en hallazgos forenses hasta que las cosas comienzan a encajar. Mientras tanto, el pasante de Jeffersonian, Colin Fischer, obtiene tres boletos para la película Avatar, lo cual también emociona a Hodgins y Sweets, por lo que se cubren mutuamente para turnarse en la fila y obtener los mejores asientos. Sin embargo, la tienda de campaña de Colin ofrece una alternativa "entretenida" e inesperada para dos personas.

Cuando un hombre vestido como Santa Claus se explota durante un fallido robo bancario, Brennan y Booth trabajan para identificar al bombista y determinar sus motivos. Mientras tanto, Brennan planea pasar la Navidad en El Salvador, pero su padre la convence de pasar las vacaciones con él y Margaret Whitesell, una pariente lejana recién descubierta.

Un caso fuera de este mundo lleva a Brennan y Booth a Nuevo México, donde investigan restos humanos con atributos extraterrestres. La víctima es identificada como una fanática local de los OVNIs, conocida en el pueblo por su incansable búsqueda de formas de vida alienígena y cuyas últimas "evidencias" hacen que incluso Brennan y Booth reconsideren la existencia exterior. Mientras tanto, un sheriff local se niega a liberar los huesos, obligando al equipo de Jeffersonian a trabajar a través de satélite, y Angela y el interno de Jeffersonian, Wendell, revelan su relación.

El Sr. White y su equipo de agentes gubernamentales ponen en cuarentena el Laboratorio Jeffersonian y exigen que Brennan y su equipo forense determinen la causa de muerte de unos restos no identificados, pero altamente clasificados. Mientras el equipo comienza a trabajar, sus hallazgos los llevan a sospechar que están investigando uno de los asesinatos presidenciales más famosos de la historia. Mientras tanto, el jefe de Booth, Andrew Hacker, lo ayuda a entrar en el laboratorio y descubrir el motivo detrás de la investigación misteriosa, y una frustrada Cam se preocupa de que Michelle le esté ocultando un gran secreto.

When a human skeleton is discovered in the trenches of an old Civil War battleground, Brennan and Booth are called to the case. Despite the historical location, Brennan quickly identifies the bones as belonging to Dan Pinard, a present-day local dentist. While Booth investigates suspects, including the victim's former boyfriend, Hodgins and lab intern Vincent Nigel-Murray work doggedly to clean the bones of a stubborn clay residue which is preventing the team from determining a cause of death. Meanwhile, Booth's brother, Jared, returns from his travels with some surprising news.

Brennan y Booth investigan un conjunto de restos únicos y desfigurados que alegorizan textos bíblicos. A medida que obtienen más información sobre la víctima, un antiguo paciente del Dr. Adam Copeland en el Sanatorio Havenhurst, se enfrentan a sospechosos difíciles de caracterizar como buenos o malos. Mientras tanto, el interno de Jeffersonian, Arastoo Vaziri, revela un secreto sobre su pasado.

Cuando un tren de metro es arrojado de la vía por 60,000 galones de agua de inundación, un cuerpo parcialmente esqueletizado emerge de la inundación. Mientras el Dr. Sweets, un pasajero en el tren descarrilado, lidia con el estrés postraumático, el resto del equipo y la interna Daisy Wick comienzan a trabajar en la identificación de la víctima como Martin Aragon, un escritor fantasma profesional involucrado en un mortal triángulo amoroso. Mientras tanto, Brennan publica su segundo libro con gran éxito, pero tiene que lidiar con un reportero entrometido y la experiencia cercana a la muerte de Sweets lo lleva a tomar una decisión drástica.

El episodio número 100 marca un hito, llevando a los espectadores seis años atrás en el tiempo mientras Brennan y Booth cuentan el primer caso en el que trabajaron juntos. Con Sweets terminando su libro sobre su asociación, Brennan y Booth aprovechan esta oportunidad para aclarar los hechos. Un joven y rebelde agente del FBI, Booth, busca la ayuda de un equipo de científicos antropológicos y un artista callejero para encontrar las pruebas que demuestren la culpabilidad de su sospechoso de alto perfil. Aunque están en territorio desconocido, la Dra. Brennan, su estudiante graduado Zack y Hodgins se ponen manos a la obra, impresionando a Booth con su habilidad para descubrir nuevas pistas y respaldar su teoría sobre un juez de distrito con conexiones. Mientras el caso sienta las bases para una exitosa asociación futura, también revela los complicados comienzos románticos del dúo formidable, cuyos sentimientos mutuos casi destruyeron al equipo pero que aún perduran años después.

El último caso del equipo lleva a Brennan de regreso a su alma mater, la escuela secundaria Burtonsville, donde ella y Booth investigan el descubrimiento de un cráneo y torso superior no identificados. Con la ayuda de Angela, identifican a la víctima como uno de los compañeros de Brennan y notan una posible conexión con un segundo asesinato cometido hace 15 años. Brennan y Booth se infiltran como una pareja casada en la reunión de su clase para interrogar a un grupo de sospechosos, donde, incluso como adulta, Brennan sigue siendo previsiblemente incomprendida y su único amigo se encuentra en un extraño y oscuro conserje. Mientras tanto, Hodgins revela un secreto de laboratorio.

Cuando se descubren restos humanos en el vientre de un tiburón, Brennan y Booth son llamados para identificar a la persona desaparecida. Las pruebas sugieren que la víctima había sido presa de varios peces, lo que dirige la investigación del equipo hacia el Acuario del Atlántico, donde un conferencista invitado y famoso gurú de autoayuda que predica el poder curativo del océano ha desaparecido. Mientras tanto, tanto Brennan como Booth navegan su propia relación cuando un biólogo marino muestra interés en Booth.

When the body of a rich adventure-seeker is found in a hotel laundry machine, Booth and Brennan are led to the last place he was seen: a Rock 'n Roll Fantasy Camp. While Brennan and Booth lead the investigation outside the lab, Hodgins, Angela and intern Arastoo use a fragment of prehistoric woolly mammoth tusk - found with the remains - and Angela's knowledge of the music industry to connect the evidence to potential suspects. Meanwhile, Cam looks for a doctor for her daughter Michelle.

Una cabaña se incendia en el bosque revelando dos cuerpos: uno de una bruja de la época moderna y otro de los días de los Juicios de las Brujas de Salem, lo que lleva a Booth y Brennan al mundo de la Wicca para encontrar al asesino. Mientras tanto, cuando la conducción imprudente de Hodgins lo lleva a él y a Angela a ser arrestados y encarcelados, Sweets e intern Clark Edison se adentran en territorio desconocido para ayudar al equipo.

El juicio del sepulturero impacta de cerca a los miembros del equipo, y todos en el Jeffersonian deben trabajar horas extras para descubrir las pruebas forenses que permitan obtener una condena.

El equipo trabaja para descubrir pistas enterradas bajo una vida llena de posesiones guardadas por un acumulador con el fin de resolver el misterio de su muerte. Mientras tanto, el padre de Angela tiene un propósito específico para su visita más reciente, y Brennan y Booth se enfrentan a oportunidades únicas.