En el siglo XVII, dos sacerdotes jesuitas portugueses viajan a Japón en un intento de encontrar a su mentor, quien se rumorea que ha cometido apostasía, y propagar el catolicismo.

Durante una reunión de las Fuerzas de Autodefensa de Japón (JSDF) para el posible regreso de Godzilla, el almirante Taizo Tachibana informa a los cadetes sobre el primer ataque de Godzilla. Se informa de la desaparición de un submarino nuclear, que más tarde se descubre que fue destruido por Godzilla. La hija de Tachibana, Yuri Tachibana, filma un docudrama con su equipo para BS Digital Q en el monte Myoko, donde ocurre un terremoto misterioso de forma aleatoria. El extraño terremoto vuelve más tarde esa noche, enterrando a una pandilla de motociclistas y dejando a un camionero sobreviviente que presencia al monstruo Baragon.

Después de la aparición de un nuevo Gojira (Godzilla), el gobierno japonés construye un Godzilla robótico a partir de los huesos del monstruo original que atacó Tokio en 1954 para detener a la bestia.