Mientras que la Enterprise surca las profundidades del espacio, el capitán Archer decide desviarse ligeramente de su ruta prevista para visitar el famoso monasterio vulcano de P'Jem, un santuario para la meditación y la purgación de las emociones (Kolinahr)de 3000 años de antigüedad. T'Pol no está muy de acuerdo con visitar el lugar ya que piensa que no serían bien recibidos al ir humanos al lugar. Pero el capitán quiere ir con Tucker y ella y T'Pol ha de prepararlo todo para ello. Visitan el lugar sin avisar, ya que no poseen tecnología en el lugar, pero el templo presenta grandes desperfectos exteriores y nadie acude a recibirlos a su llegada. Un monje aparece pero les advierte que están en la fase final del Kolinahr) y no los pueden molestar. T'Pol observa cosas extrañas como iconos fuera de sitio, no ser recibidos por varios monjes y el anciano que los ha recibido lo encuentra demasiado agitado. Antes de irse se dan cuenta que alguien los vigila y apunta con unn arma. Archer y Tucker lo reducen y descubren que se trata de un andoriano. Pero antes de poder ponerse en pie más andorianos aparecen y los apresan. Los andorianos son los grandes enemigos de los vulcanianos y ni siquiera conocen la Tierra pero se han hecho fuertes en el monasterio y tienen a los monjes y ahora a ellos apresados. Shran (Jeffrey Combs), el líder andoriano, interroga al capitán y lo acusa de participar en una conspiración con los vulcanianos. Los andorianos son famosos por desconfiados e irascibles. Son del planeta vecino a los vulcanianos y algunas facciones de su raza creen que estos quieren conquistarlos. Desde la Enterprise se dan cuenta de la presencia de una nave no vulcana al lado de la lanzadera. La tripulación del Enterprise se encuentra sin quererlo en medio de una disputa de consecuencias impredecibles.

Al líder suliban Silik (John Fleck) su misterioso comandante del futuro le quita los ojos y lo amenaza con deshacerse de él y no devolvérselos si no tiene éxito en su siguiente misión. La Enterprise pasa cerca de un vivero estelar y el capitán Archer decide aproximarse para mantener contacto y saludarlos. El primer contacto es con una nave que escolta a un grupo de individuos profundamente espirituales en su peregrinaje a la gran llama de Agosoria. Cada once años una protoestrella emite una explosión de neutrones y esos “caballeros” creen que eso es algo sagrado. Ocurrirá en un día y Archer pide permiso para acompañarlos y los invita a cenar en la Enterprise aunque el capitán Fraddock (Michael O'Hagan) prefiere quedarse en su nave. Cuando los invitados llegan son bien recibidos por la tripulación con el capitán Archer al frente, Prah Mantoos (Joseph Hindy) uno de los visitantes es el primero en saludar aprendiendo a hacerlo dando la mano y les explica que han viajado muchos años luz para ver el acontecimiento. Además les traen uno presentes, un reloj que cuenta el tiempo desde el origen del universo y un licor. Los invitados visitan la nave pero uno de ellos vemos que es capaz de “dislocarse” un brazo para acceder a uno de los tubos y arrancarlo. El capitán Fraddock les advierte contra la tormenta de plasma que se aproxima y es mejor que intenten rodearla. Mientras el doctor Phlox explica a los invitados su trabajo. Las turbulencias aumentas y se quedan sin electricidad en la cubierta C mientras la tormenta se aproxima y les cuesta bordearla. Además se produce una sobrecarga en los reles de impulso y las anomalías no paran de aparecer en la nave mientras pierden potencia. Pero algo ha pasado que ha evitado que los daños fueran mayores y explotase el reactor. Uno de los visitantes no es quien dice ser, es Silik, pero les ha salvado, y más adelante el capitán descubre que Daniels (Matt Winston), el hombre que le sirve el desayuno, no

El Enterprise explora Valakis, un planeta descubierto recientemente, habitado por dos pueblos distintos. Una de las razas padece una enfermedad incurable, con millones de muertos. A Phlox se le plantea un difícil dilema ético. ¿Podrá Phlox con toda su ciencia médica ayudar a esta gente?....

El Enterprise encuentra una nave Klingon averiada. T'Pol, Hoshi y Reed vuelan hasta allí en una lanzadera para investigar. Mientras el equipo del Enterprise inspecciona la nave, una mujer Klingon roba su lanzadera. T¡pol, Hoshi y Reed están atrapados en el carguero averiado, y ahora al capitán Archer le toca encontrar a la mujer Klingon para poder rescatar a su equipo...

El capitán Archer protege a una nave civil vulcaniana mientras la reparan. Estos vulcanianos salieron hace muchos años de su planeta natal para buscar nuevas emociones. Las dos tripulaciones se hacen rápidamente amigas. En un experimento, T'Pol tendrá la posibilidad de descubrir sus emociones reprimidas....

Mientras Trip intenta hacer un buen retrato del capitán Archer para el mando de la Flota, Reed observa un planeta sin sistema. Aunque en un planeta así es imposible que haya vida, ésta ha logrado sin embargo abrirse paso: hay manantiales de donde sale gas caliente. Cuando Archer, T'Pol, Hoshi y Reed consiguen llegar al sombrío y frondoso planeta, encuentran una flora y fauna enormemente variada, con escarabajos fluorescentes. Además, se encuentran con un grupo de Eskas que consideran el planeta como su coto de caza y que, tras un par de pequeños malentendidos, reciben cordialmente a los del Enterprise. Pero entonces, Archer ve en medio del bosque una mujer semidesnuda de la que nadie parece saber nada...

Cuando los Ferengi abordan la nave, toda la tripulación duerme. También Phlox y T'Pol, con quien uno de los ladrones se muestra entusiasmado, están bajo ese efecto. Los Ferengi registran ávidamente la nave y se llevan todo lo que no está sólidamente fijado. La única esperanza que le queda al Enterprise es Trip, vestido con ropa interior azul...

En un almuerzo de negocios con un comerciante que intenta vender seda a T'Pol, surge en la conversación un planeta donde aquél ha encontrado una nave. Al no ver signos de vida, se acercó para echar un vistazo y se dio cuenta que allí había todo lo que la tripulación necesita. Por diez kilos de café estaría dispuesto a darle las coordenadas. ¿Por qué no se las llevó él mismo? Porque la tripulación se lo impidió. Cuando Archer T'Pol, Trip y Merryweather avistan la nave, sus tricordios emiten la misma señal que el del comerciante: ningún signo de vida. Cada vez tienen más la impresión de que el lugar está realmente embrujado. T`Pol oye ruidos sin detectar la menor señal de vida, ni siquiera de ratas, ven sombras, se sienten vigilados. Siguen a una de las sombras hasta un jardín en medio de la nave, envuelto en una nube de vapor. Allí encuentran a la tripulación, a la que enseguida empiezan a ayudar a reparar la nave. Sin embargo, la nave y su tripulación guardan un sombrío secreto...

"¡Comen ustedes como cerdos!", es la única frase que Hoshi creyó entender mientras los Kreetasen abandonaban ofendidos la nave, tras lo que Trip describió como"el primer contacto más corto de la Historia". Hoshi está deprimido, aunque T'Pol le aclara que ha sido culpa suya que el encuentro fracasara, y el capitán se encierra en su cámara. Si el capitán supiera que a bordo hay una forma amorfa y que se deshace, no se hubiera dejado convencer tan fácilmente por Trip. Sólo Hoshi se da cuenta de que algo no va bien. Y mientras la mayoría de la tripulación intenta ver una película de terror, él experimenta la suya propia...

Después de tres meses de actividad sin pausa, T'Pol demuestra que el rendimiento de la tripulación ha descendido un tres por ciento y concluye que todos padecen falta de actividad sexual. Conclusión: vacaciones en el planeta Risa. Aunque Trip y Archer no dicen nada, la idea les gusta. Pero, para empezar, el planeta está a nueve días de distancia, y a continuación, les llega una orden del almirante Forrester: deben ir a buscar a una embajadora Vulcaniana a un planeta llamado Mazar. Nada más llegar, son informados de que T'Val va en una lanzadera camino del Enterprise. Además, se sabe que T'Val ha sido relevada de su puesto por abuso de autoridad y comportamiento delictivo. La conducta de la diplomática sorprende y asombra a todos los del comité de recepción. Archer y Trip estrechan su mano y T'Pol se da cuenta, al saludarla en Vulcaniano, que ella se ha alegrado de dirigirse a él en inglés. Durante la comida ella hace una broma y, lo que es peor, es acusada de un delito y no se defiende de lo que asegura un testigo. Y eso que el comportamiento delictivo no es normal en un Vulcaniano, y menos en uno de su posición. En ese momento llega otra nave de Mazar, le ordenan a T'Val que regrese, el Enterprise se ve envuelto en una lucha, y la embajadora no da ninguna explicación, así que Archer emprende una jugada diplomática con todas sus reglas y posibilidades...

Primer permiso para descender a tierra en Risa, un acontecimiento prometedor. Ya que no se puede dejar solo al Enterprise, deciden sortear quien de ellos podrá relajarse dos días y dos noches enteras. Aunque Archer se siente culpable por haber sido elegido, T'Pol le convence de que el Enterprise necesita que su capitán descanse. Entonces, se monta en una de las dos naves con los afortunados ganadores, entre los que se encuentran Trip, Reed, Hoshi y Merryweather, y todos tienen planes: Travis quiere desfogarse en los acantilados rocosos que cambian continuamente, Trip y Reed quieren encontrar unas extraterrestres para... ensanchar sus horizontes culturales, Archer sólo quiere un buen libro para entretenerse y Hoshi quiere ampliar realmente sus conocimientos aprendiendo idiomas, pero las cosas sucederán de otra manera...

El Enterprise penetra en un sistema desconocido para explorar un planeta similar a la Tierra. Antes de que la nave entre en órbita, es alcanzada por una potente explosión que abre un gran agujero en la cubierta. Otra mina se adhiere a la cubierta de la nave, y sólo el teniente Reed está en condiciones de desactivarla. Cuando está haciéndolo, se presentan los propietarios del sistema y exigen al Enterprise que abandone inmediatamente el sistema, lo que no es posible debido a lo dañado que está y a la otra mina...

Los graves daños causados por el campo de minas enemigo obligan a la tripulación del Enterprise a buscar un lugar adecuado para repararlo. Tras inspeccionar la cubierta exterior, los peores temores del capitán se hacen realidad: sin ayuda exterior, la reparación duraría más de dos años. Un vuelo más largo a velocidad superior a Warp tampoco es posible. El ojo avizor del oficial científico T'Pol descubre un hangar de reparación automática con tecnología extraordinariamente avanzada. La reparación concluye en apenas dos días. De pronto, el alférez Merryweather ha desaparecido, aunque el capitán no le había autorizado a abandonar el puerto, lo que da comienzo a una búsqueda desesperada por la estación desconocida...

T'Pol es despertada en mitad de la noche. Ella recibe un mensaje cifrado: han encontrado a "Menos", el último de siete Vulcanianos rebeldes al que ella buscaba desde hacía años. Pide ayuda a Archer, suponiéndole sorprendido, ante todo, porque ella cree que es un asunto personal.

Trip y Hoshi intentan comprender unos dibujos con miles de años de antigüedad, para lo cual toman datos. Ya han tomado notas en 24 cámaras en ruinas, que recuerdan a los aztecas. Pero ya no harán más por hoy: una tempestad se aproxima a velocidad de vértigo. Desgraciadamente, no pueden usar la lanzadera, así que la única posibilidad es ser teletransportados. Hoshi sostiene que no quiere que dividan sus moléculas y luego las vuelvan a unir. Trip afirma estar dispuesto a ir el primero. Como con él todo sale bien, Hoshi se deja también teletransportar. Y, al menos en apariencia, todo sale bien...

La Enterprise acaba de descubrir un planeta con una extraordinaria riqueza de fauna y flora, y un cañón cinco veces más profundo que el Cañón del Colorado. Además, sólo oscurece cuatro veces al mes: sus dos soles obran el milagro. La próxima semana se anuncia pródiga, no sólo en resultados sorprendentes, sino también en posibilidades de hacer rafting por los ríos y otras muchas cosas. Sin embargo, la alegría no durará mucho. En mitad de los preparativos, les interrumpe la llamada de una nave. El único deseo de su tripulación: que los traigan a bordo para huir tan pronto como sea posible a velocidad warp 7. Una tempestad radiactiva se aproxima a esa velocidad . El problema es que la Enterprise sólo alcanza la velocidad warp 5...

La nave es tragada por una nave alien ocupado por criaturas no corporeas que invaden los cuerpos de los miembros de la tripulación.

Cuando la nave invierte su curso para ir a investigar un fenómeno planetario, Mayweather aprovecha la oportunidad de visitar la nave de carga donde nació y creció, el E.C.S. Horizon. Pero su padre, el capitán de la nave, recientemente murió, y Travis descubre que las cosas en casa no son como parecen.

Mientras estudian una estrella en las fases anteriores de volverse supernova, la nave se encuentra con una raza llamada Vissians. Las dos tripulaciones se llevan bastante bien, hasta que Tucker se pone demasiado curioso sobre un miembro del tercer género de la especie: un individuo llamado "cogenitor."

La tripulación sufre los efectos de distorsión espacial producidos por la expansión délfica mientras son atacados por unos aliens.

La Enterprise está a punto de una confrontación con los Xindi cuando de pronto toman a una extraña pasajera, una hermosa esclava Rajiin.

Un poderoso telépata hace contacto con Hoshi y le ofrece ayudarlos a encontrar a los Xindi a cambio de un precio.

Archer finalmente se encuentra cara a cara con Degra, el diseñador de la super arma Xindi, a quien trata de forzar para que revele su ubicación.

Archer investiga a un alien rescatado que parece ser un sujeto de testeteo. Los oficiales comienzan a tener extrañas sensaciones.

La vida de los tripulantes de la nave queda en manos del Dr. debido a que deberán ser puestos en coma para poder sobrevivir a un disturbio transdimensional.

La embajada Vulcana es bombardeada. T'Pol y Archer son enviados a investigar a una facción religiosa en el desierto vulcano.

T'Pol y Archer encuentran a los Syrrannites (una facción religiosa). Archer se entera de los planes del alto mando vulcano de iniciar un ataque contra Andoria, lo que sumergiría a la Tierra en un conflicto interplanetario.

La Enterprise viaja a Babel con un embajador Tellarite para tentativas de paz con los Andorianos, cuando es recibida una llamada de auxilio de Shran.

Archer trata de unir a Andorianos, Tellarites y Vulcanos en un plan para capturar una nave que esta tratando de desestabilizar la región.

Archer visita el mundo de Shran's para encontrar una subespecie Andoriana llamada los Aenar, para determinar su conexión con la nave que destruye naves en la región.

Con la ayuda del Columbia, la tripulación de la Enterprise solucionan el sabotage a sus naves y ven detrás el secuestro de Phlox.

Después de un acuerdo con los Orions. El comerciante le obsequia tres mujeres a Archer que cautivan a todos los hombres de la nave excepto a Trip.

Un líder humano aislacionista amenaza destruir el comando de la flota estelar si los aliens no abandonan la tierra.