Cuando la evidencia aterradora sugiere que las huérfanas son parte de un siniestro experimento en curso, las sospechas de Sarah recaen sobre Paul, el novio de Beth. Pero su sondeo desencadena involuntariamente la propia investigación de Paul lo que le acerca peligrosamente a la verdad. Mientras tanto, una Alison paranoica llega a un nuevo nivel de complejidad.

La caza de Sarah para obtener respuestas es interrumpida por una salida a los suburbios. La paranoia de Alison se ha desbordado, poniendo a todas las Huérfanas en peligro. Pero cuando los mundos de Sarah, Alison y Beth chocan peligrosamente, Sarah debe decidir en quién confiar su secreto.

Con Paul desaparecido, Sarah se ve obligada a enfrentarse al responsable de la conspiración. Pero cuando Paul se entera de que Sarah le ha ocultado información esencial, la frágil confianza entre ellos amenaza con romperse. Mientras tanto, Cosima se aproxima más a Delphine y al peligrosamente fascinante Dr. Leekie.

Las acciones de Sarah ponen a las Huérfanas una contra la otra mientras trata de planear su próximo movimiento. Mientras Paul trata desesperadamente de encubrir la existencia de Sarah, Alison se venga de quien sospecha que es su monitor lo que le podría costar todo lo que ella quiere.

Después de la vida de Kira se ve amenazada, Sarah está en pie de guerra pero el Dr. Leekie le hace replantearse sus planes de venganza. Mientras tanto, Cosima se enfrenta a la verdad sobre Delphine obligándola a tomar partido. Ahora, le toca a Sarah decidir el destino del asesino pero la verdad acerca de dónde provenía Sarah cambia todo.

La última oportunidad de Sarah para traer de vuelta a la cordura a su némesis se desvanece porque Art intenta obtener respuestas por su cuenta. Mientras tanto, las huérfanas deben decidir si hacer la paz con sus creadores, ya que Sarah se ve envuelta en un enfrentamiento mortal con su enemigo.

Sarah se ha quedado sin opciones, huyendo y perseguida por mortales adversarios. Desesperada por encontrar a su hija Kira, Sarah sospecha que la implacable Rachel está tras la desaparición de su hija y emprende una guerra total contra ella. Alison y Donnie asisten al funeral de su fallecida amiga, Aynsley, ocasionando que Alison se hunda en la culpa y la desesperación. Cosima se enfrenta a decisiones confusas que pueden tener importantes consecuencias.

Mientras Alison se enfrenta a la muerte de Aynsley y Cosima lucha contra el empeoramiento de los síntomas de su misteriosa enfermedad, Sarah consigue la ayuda de Art para encontrar a Kira.

Tras su fuga con Felix, Sara es forzada a depender de un recuerdo del pasado - un antiguo amor llamado Cal Morison, Cuando su breve tregua es brutalmete destruida, Sarah se da cuenta de que no importa lo lejos que corra, jamás será suficiente.

Sarah vuelve a casa en busca de respuestas. Con la ayuda de Cosima, que busca en los orígenes del experimento de clonación, la búsqueda la lleva a un punto clave de la investigación.

Rachel está en pie de guerra con Sarah, atacando a sus seres más cercanos y queridos. Mientras ella trata de mantener a sus seres queridos a salvo, un visitante inesperado amenaza con descarrilar los planes de Sarah.

Sarah une fuerzas con una aliada poco probable y poco fiable, Helena, siguiendo un rastro de pistas que se espera la llevará a los orígenes del experimento de clonación. Cosima y Delphine hacen un descubrimiento que podría llegar a ser la clave para el tratamiento de su enfermedad. Alison se encuentra en una clínica de rehabilitación.

Cuando un confidente de rehabilitación traiciona a Alison y amenaza con exponer la verdad sobre la muerte de Aynsley, ella se desploma en vísperas del Día de la Familia. Con Donnie y los niños apunto de ir a visitarla, Alison recure a la ayuda de Felix y Sarah.

Un nuevo clon aparece tras la puerta de Felix. Con Cosima quedando sin opciones, Sarah lucha con la decisión de entregar una pieza crucial y hacer un trato con el Instituto Dyad.

La enfermedad de Cosima cada vez empeora, lo que obliga a Sarah a tomar medidas desesperadas, con consecuencias trágicas para los que ama. Los Proletarianos empiezan un nuevo plan.

Sarah se entrega al Instituto Dyad en un intento desesperado de proteger a Kira. Cosima, Scott y Kira preparan un plan para ayudar a Sarah a escapar. Marion revela que el proyecto Leda es solo una ramificación pequeña de un ambicioso plan desarrollado por los militares.

Sarah persigue a la desaparecida Helena, quien está retenida en un recinto lejano. Sarah debe usar su astucia y habilidades de actuación para disuadir a un investigador de Topside que amenaza las vidas de las hermanas Leda. Mientras tanto, Cosima parece estar recuperándose de su enfermedad, mientras que Alison y Donnie enfrentan problemas financieros recién descubiertos. Pero cuando la amenaza de Castor vuelve a aparecer, Sarah y toda su familia deben unirse para sobrevivir.

Paul excava y descubre la fea verdad detrás de los registros de nombres de los Castor Boys, lo que lo impulsa a tomar acción. Mientras tanto, Felix está desesperado por información sobre el paradero de Sarah y presiona a Rachel, quien aún está enferma, en busca de alguna pista. Para que Donnie y Alison lleven su negocio de ganar dinero al "siguiente nivel", ella debe presentarle a Jason Kellerman su plan de negocio único.

Alison debe asegurar un local comercial para llevar su negocio, junto con Donnie, al "siguiente nivel". Pero las cosas no salen según lo planeado cuando su madre, Connie, resulta ser un gran obstáculo. Cosima enfrenta problemas de salud conocidos y recurre a la acosada Alison para pedirle un favor. Sin embargo, mientras Alison trabaja para salvar a un amenazado Donnie de las manos despiadadas de un narcotraficante, es Cosima quien acaba haciendo un favor. Un aparentemente tranquilo Scott se acerca al descubrimiento más grande de todos cuando se sienta con la acosada clon Rachel.

Cuando Rachel hace una promesa a Sarah, viene con un precio elevado. Mientras tanto, Helena y Gracie colaboran con los Hendrixes, y Donnie enfrenta a Kellerman. En Castor, Coady y Benchman planean rastrear al Castor Original, y Rudy llega a DYAD en busca de un recurso muy necesario.

Sarah, Felix y la señora S hacen un viaje con la esperanza de localizar al Castor Original. Pero no están solos. En casa, Donnie intenta salvar el negocio familiar cuando Pouchy se deserta, pero es Helena quien logra obtener un "reembolso completo". Mientras tanto, Cosima se vuelve sospechosa de Shay, y Delphine toma el asunto en sus propias manos. Pero nada volverá a ser igual cuando Leda finalmente encuentra lo que han estado buscando.

Mientras el Club de Clones se acerca a la verdad, Castor y Topside obligan a Sarah a hacer alianzas incómodas. Mientras tanto, Kendall podría ser la clave para detener a Castor; las hermanas parecen estar frustrando a su enemigo más peligroso.

De mala gana, Sarah y Rachel se unen para luchar contra Evie Cho y localizar a dos mujeres que huyeron de Brightborn. Helena regresa.

Cuando la comunicación con Cosima se corta y Neolution parece estar a una distancia muy peligrosa, la alianza de Sarah con Rachel se desmorona. Sarah conduce a un Neolucionista muy importante a una trampa, y se propone vencer a Neolution de una vez por todas.

Mientras Sarah trata de sobrevivir en la despiadad isla, Cosima se adapta a la aldea. En casa, la familia enfrenta nuevas amenazas.

Luego del encuentro con P.T., Rachel le hace una buena oferta a Sarah. Reaparecen viejas alianzas para ayudar a Kira.

Cosima duda de la lealtad de Delphine y descubre la verdad sobre la "criatura" que aterroriza la aldea. Ahora Kira comprende el plan de Neolution.

S continúa con su plan secreto para acabar con la Neolución, tras animar a las chicas a que asistan a la inauguración de la exposición de Félix.

En el episodio final de la serie, Sarah, Art y Helena se enfrentan con sus últimas fuerzas a la Neoevolución en el antiguo edificio de Dyad.

Mientras el Club de Clones se acerca a la verdad, Castor y Topside obligan a Sarah a hacer alianzas incómodas. Mientras tanto, Kendall podría ser la clave para detener a Castor; las hermanas parecen estar frustrando a su enemigo más peligroso.

Cuando la comunicación con Cosima se corta y Neolution parece estar a una distancia muy peligrosa, la alianza de Sarah con Rachel se desmorona. Sarah conduce a un Neolucionista muy importante a una trampa, y se propone vencer a Neolution de una vez por todas.

De mala gana, Sarah y Rachel se unen para luchar contra Evie Cho y localizar a dos mujeres que huyeron de Brightborn. Helena regresa.

Cuando Rachel hace una promesa a Sarah, viene con un precio elevado. Mientras tanto, Helena y Gracie colaboran con los Hendrixes, y Donnie enfrenta a Kellerman. En Castor, Coady y Benchman planean rastrear al Castor Original, y Rudy llega a DYAD en busca de un recurso muy necesario.

Cosima duda de la lealtad de Delphine y descubre la verdad sobre la "criatura" que aterroriza la aldea. Ahora Kira comprende el plan de Neolution.

Sarah persigue a la desaparecida Helena, quien está retenida en un recinto lejano. Sarah debe usar su astucia y habilidades de actuación para disuadir a un investigador de Topside que amenaza las vidas de las hermanas Leda. Mientras tanto, Cosima parece estar recuperándose de su enfermedad, mientras que Alison y Donnie enfrentan problemas financieros recién descubiertos. Pero cuando la amenaza de Castor vuelve a aparecer, Sarah y toda su familia deben unirse para sobrevivir.

Mientras Sarah trata de sobrevivir en la despiadad isla, Cosima se adapta a la aldea. En casa, la familia enfrenta nuevas amenazas.

Luego del encuentro con P.T., Rachel le hace una buena oferta a Sarah. Reaparecen viejas alianzas para ayudar a Kira.

Sarah, Felix y la señora S hacen un viaje con la esperanza de localizar al Castor Original. Pero no están solos. En casa, Donnie intenta salvar el negocio familiar cuando Pouchy se deserta, pero es Helena quien logra obtener un "reembolso completo". Mientras tanto, Cosima se vuelve sospechosa de Shay, y Delphine toma el asunto en sus propias manos. Pero nada volverá a ser igual cuando Leda finalmente encuentra lo que han estado buscando.

Alison debe asegurar un local comercial para llevar su negocio, junto con Donnie, al "siguiente nivel". Pero las cosas no salen según lo planeado cuando su madre, Connie, resulta ser un gran obstáculo. Cosima enfrenta problemas de salud conocidos y recurre a la acosada Alison para pedirle un favor. Sin embargo, mientras Alison trabaja para salvar a un amenazado Donnie de las manos despiadadas de un narcotraficante, es Cosima quien acaba haciendo un favor. Un aparentemente tranquilo Scott se acerca al descubrimiento más grande de todos cuando se sienta con la acosada clon Rachel.