Mientras un eclipse total deja su sombra alrededor de La Tierra, un profesor de genética en la India es conducido por la desaparición de su padre a descubrir una teoría secreta - hay personas con superpoderes conviviendo con nosotros. Un joven soñador trata de convencer a su hermano político de que puede volar. Una animadora de instituto se da cuenta de que es totalmente indestructible. Una madre soltera que hace lo imposible para intentar sacar adelante a su joven hijo, descubre que su imagen en el espejo guarda un secreto. Un talentoso artista cuya adicción a las drogas está destruyendo su vida y su relación con su novia, puede pintar el futuro. Y en Japón, un joven desarrolla una manera de parar el tiempo. Aun así, desconocido para todos ellos, su último destino es nada más y nada menos que salvar el mundo.

Mientras los "Héroes" siguen probando sus recientemente descubiertos superpoderes, Claire trata de mantener una vida social normal cuando un romance con el quarterback del equipo, toma un giro trágico. Por su parte Hiro convence a su amigo Ando de que están destinados a viajar a América para salvar al mundo. Una asustada Niki sigue instrucciones de una misteriosa fuente que le llevan al medio del desierto. Por otro lado, Nathan usa el accidente de Peter para relanzar su carrera política. El escurridizo Sylar es cazado por Matt y el FBI, con la colaboración de Suresh, ya que el diario de su padre contenía pistas valiosas.

Suresh por fin consigue encontrar a uno de los genéticamente avanzados "superhombres" de los que hablaba su padre. En Las Vegas, el plan de Hiro fracasa cuando intenta controlar el tiempo para beneficiarse en las mesas de apuestas. Los mafiosos a los que debe dinero Niki usan su deuda para su propio beneficio en un plan bastante elaborado, mientras que Nathan hace una visita a un rico donante de Las Vegas para conseguir fondos adicionales para la campaña. Siguiendo un trágico desenlace de una hoguera, los poderes de Claire son puestos a prueba de forma definitiva, pero de acuerdo con las pinturas de Isaac, su futuro puede estar cargado de incluso más peligros. Mientras tanto, las habilidades de Matt son puestas a prueba por un par de hombres que parecen saber mucho sobre la gente con dones especiales.

Cuando se enfrenta a una crisis que implica a su hijo, una distraída Niki confiesa sus problemas personales a una amiga. Dejando de lado sus problemas en casa, Matt ayuda en la investigación de Audrey, que acaba con otro rarísimo asesinato. Su persecución de Sylar, el misterioso asesino en serie, da un giro inesperado. Después de fallar como "superhéroe" cuando se enfrentó al peligro, Hiro se cuestiona su heroísmo. Nathan y su mujer Heide planean estrategias sobre cómo ganar las elecciones al congreso. Claire se sorprende tras descubrir dónde estaba la cinta que descubre su particular "habilidad". Mientras tanto, su padre está muy decepcionado cuando escucha unas noticias por parte de uno de sus asociados.

Los trágicos sucesos en Texas han tenido tristes y serias repercusiones para muchos de los "héroes", sus familias y amigos. Se revelan los impactantes detalles sobre la predicción de Isaac sobre la bomba nuclear en Nueva York. El nuevo cuadro de Isaac tiene increíbles implicaciones con el futuro de un héroe en crisis. Suresh ya da sus primeros pasos en su nuevo camino. Matt y la agente del FBI Audrey Hanson investigan una brecha en el caso de Sylar. Aterrorizada por los nuevos hechos de Jessica, Niki toma una difícil decisión para proteger a su familia.

Peter se da cuenta de que él y Claude han podido ser traicionados. Matt se une al hombre radiactivo Ted Sprague y a Hana Gitelman, la mujer con habilidades mentales "wireless". Hiro tiene que tomar una decisión dura en cuanto a su misión. Claire ya no puede aguantar su enfado contra su padre.

Matt Parkman y Ted Sprague vuelan a Texas para su búsqueda de respuestas y toman como rehenes al hombre de las gafas de pasta y a su familia. Se revelan nuevos datos sobre el Sr. Bennet, sobre la agencia para la que trabaja y sobre cómo encontró a Claire.

Cuatro meses después de los acontecimientos del enfrentamiento entre Sylar y Peter, surgen nuevos héroes. Entre ellos figuran hermano y hermana, Alejandro y Maya. Hiro sigue en el pasado, pero que deparara todo esto? Alguien muere y alguien no está muerto. Claire y su padre y el resto de su familia tienen una nueva vida.

Mónica comienza a mostrar nuevas habilidades mientras practica con Micah, Nana, y Damon. Nana es la abuela de Micah, Monica, y Damon. Todos ellos residen actualmente en Nueva Orleans. Matt pide a Molly que localice al hombre con el que sueña ella. Él puede ser la nueva amenaza de los Héroes. Maya y Alejandro siguen su marcha a los EE.UU. Tanto Claire como su padre sospechan el uno del otro. Angela revela mucho de sus secretos.

Peter y Caitlin conocen la ultima fase de los efectos del virus de los Héroes. Muchos de los Héroes trabajan juntos para luchar contra el "Hombre Pesadilla". West está conmocionado al conocer la identidad del padre de Claire. Hiro y Kensei, El viaje llega a su fin.

El señor Bennet se prepara para trasladar a su familia cuando piensa que la empresa les ha encontrado, pero a Claire no le gusta la idea. Hiro vuelve al presente y al descubrir la muerte de su padre, viaja atrás en el tiempo para detenerlo. Mientras tanto, Matt perfecciona sus nuevas habilidades mentales.

Peter viaja a Primatech en Texas para destruir el virus, pero no todo es lo que parece. Hiro continúa la búsqueda del asesino de su padre, mientras que Matt persigue el último miembro de la Compañía en la foto. Nikki se reune con Micah, pero tiene malas noticias, mientras que Maya tiene que optar por permanecer con Alejandro, o ir con Sylar.

En Texas, Peter se enfrenta a sus examigos debido a la engañosa historia de Adam sobre el virus de Shanti. Micah recluta a su madre para rescatar a Monica. Maya está atónita cuando conoce la verdad acerca de su nuevo amigo Sylar. Elle intenta hacer que su padre este orgulloso.

Después de un vistazo al futuro, se desvela quién disparó a Nathan. Matt lo persigue y acaba en un desierto. Hiro recibe un importante mensaje de su padre. Sylar visita a Claire. Maya le da una idea a Mohinder para su investigación. Nathan se recupera y recibe una visita de Linderman

HRG y su nuevo socio van a atracar un banco con cuatro villanos, incluyendo a Peter atrapado en uno de ellos. Hiro y Ando siguen a Daphne hasta Alemania, y se encuentran con el haitiano. Tracy Strauss va a New Orleans para encontrar más información sobre Niki. Meredith enseña a Claire a pelear. Usutu enseña a Matt varios cuadros sobre él.

Atrapados y aterrorizados, Nathan y Tracy luchan por sus vidas ante un monstruoso y muy cambiado Suresh, y conseguir escapar junto a Maya y al resto de sujetos que usa como cobayas. Elle vuelve con una sorpresa para Claire y su familia. Mientras tanto, conociendo el despiadado intento de sus rivales en Pinehearst por derrotar a Peter, Angela intenta convencer a Sylar para que salve a su hermano. Como no se va a unir a los Villanos, el jefe de Daphne le manda acabar con Matt... o acabar muriendo ella. Bajo los efectos del poder del vidente africano, Hiro se cuestiona la validez de los consejos que le da Usuto sobre cómo enfrentarse a sus enemigos.

Los planes de Nathan revelados a Seguridad Nacional harán que comiencen una investigación bajo las órdenes directas del Presidente de los Estados Unidos. Sylar y Luke comenzarán un viaje por carretera para encontrar al padre de este primero, pero de repente serán capturados por los agentes de Nathan. La vida comenzará a complicarse para la familia de Bennet ya que Claire empieza a actuar para proteger a un joven con poderes de ser capturado por HRG. Mientras, las pinturas proféticas de Matt harán que Hiro y Ando vayan a la India y un misterioso aliado aparecerá para ayudar a nuestros héroes.

Después de recibir un consejo de "Rebel", Matt y Peter se dirigen al "Building 26" para rescatar a Daphne y recuperar unos archivos que descubrirán a todo el mundo los planes del gobierno contra los que tienen poderes. Claire encuentra ayuda por parte de una fuente poco corriente en el contrabando de Alex fuera de la ciudad. Sylar y Luke continuan su viaje por carretera, Sylar comienza a tener recuerdos sobre su padre que le conducen hacia la verdad de su madre. Mientras, "The Hunter" pone su propio plan en marcha con una sorpresa explosiva para uno de los heroes.

Cuando Sylar se encuentra cara a cara con su padre perdido desde hace tiempo, al final la reunion llega a ser lo que menos se esperaba. Por otro lado, al recibir un mensaje por parte de “Rebel”, Claire deberá decidir si va a ayudar a su temido enemigo, Eric Doyle, a que se libre de que le capturen. Mientras, The Hunter planea sacar a la luz los planes secretos de la familia Petrelli y tomar el control de la operación de Nathan, Matt se encuentra en el punto de mira y al borde de la regulación de Capitol Hill.

Mientras Danko encabeza la operación del gobierno, alguien cercano a él le pondrá en la linea de fuego. HRG continua en su espiral fuera de control y su matrimonio se acerca a un punto de ruptura. Mientras, Hiro y Ando continuan su viaje de carretera con una entrega especial para Matt Parkman. Por otro lado, Angela Petrelli desenterrará los demonios de su pasado.