El gobernador de Hawai autoriza al oficial de inteligencia de la Marina de los USA Steve McGarret, para reunir a miembros con el objetivo de crear una unidad especial cuya principal misión será capturar al hombre que mató al padre de McGarret.

Una de las hijas del embajador de Filipinas ha sido asesinada y la otra ha desaparecido. El governador Jamessons pone al equipo de McGarret al mando de la investigación.

Steve McGarrett se encuentra en su casa dormido cuando unos ladrones entran para robarle, finalmente logran mantenerle inmóvil con una pistola paralizante y robarle la caja de herramientas de su padre. Lo único que recuerda es que uno de los integrantes de la banda es un japonés.

McGarrett y su equipo se acercan al criminal más temido, Wo Fat toma represalias contra el equipo de Hawai y sin la ayuda del gobernador el enfrentamiento entre McGarrett y Wo Fat podría significar el final de Hawai.

Steve McGarrett escapa de la prisión en la que está encarcelado por el asesinato de la gobernadora del estado con la intención de atrapar al verdadero responsable del crimen, Chow Fat. Mientras, el equipo de Hawai 5.0 trata de encontrar las pruebas necesarias que demuestren su inocencia y, para ello, cuenta con la colaboración del antiguo mentor de Steve, Joe White (interpretado por el popular Terry O´Quinn, John Locke en Perdidos). Sin embargo, no podrán contar con la colaboración de Kono, suspendida por asuntos internos. Además los protagonistas desconocen que, entre sus miembros, hay un traidor infiltrado por Chow Fat. ¿De quién se tratará?.