Un Cylon humanoid se ata explosivos y comete un atentado suicida en un pasillo lleno de gente en la Galáctica. Roslin y Adama se ven obligados a revelar públicamente que los Cylons ahora tienen modelos que se parecen a los humanos, y una ola de paranoia se extiende por la flota mientras todos comienzan a ser sospechosos de ser un Cylon.

Después de que Baltar tiene una discusión con la visión de Number Six que ve en su cabeza, una copia física del modelo Cylon Number Six aparece en el CIC de la Galactica afirmando ser una mujer llamada Shelley Godfrey, quien tiene pruebas que demuestran que Baltar ha traicionado a la humanidad... excepto que ella está tratando de incriminarlo por un acto de sabotaje previo al ataque.

Un Cylon humanoide es capturado en la flota, una copia del modelo Leoben, quien afirma haber plantado una bomba nuclear en la Flota antes de ser capturado. Starbuck es asignada para interrogarlo, lo cual pronto se convierte en una batalla de voluntades ya que Starbuck tiene a sus marines torturando al Cylon para intentar quebrantarlo.

La flota se está quedando sin combustible de tylium y pronto no tendrá suficiente para seguir huyendo de los Cylons, cuando encuentran un asteroide con varios años de suministro de mineral de tylium... desafortunadamente, los Cylons ya han construido una base minera en él.

La Presidenta Roslin ha reconstruido un nuevo Quórum de Doce, el poder legislativo del gobierno, pero el líder terrorista/disidente político Tom Zarek es elegido como miembro, y de inmediato propone que el Quórum vote para nombrar a un nuevo Vicepresidente, y se postula para el cargo.

Starbuck, Helo y Boomer traen de vuelta la Flecha de Apolo, pero Boomer no parece ser bienvenida. El Comandante Adama quiere mantener a la flota dividida y nombra a un nuevo CAG.

Dos de los raptores de Pegasus desaparecen después de una sospechosa llamada de auxilio. La presidenta Roslin debe tomar una decisión sobre el aborto que podría dañar su carrera política.

Además de tener que lidiar con la pérdida de Kara Thrace, la tripulación de la Galáctica también está a cargo de la seguridad en torno al juicio del Dr. Baltar y su abogado defensor, quien está reemplazando a un abogado que ya ha sido asesinado.

Las secuelas de un golpe de estado entre los Cylons conducen a más violencia, Lee se encuentra enfrentándose a Roslin durante su primera reunión con el Quórum de los Doce como el nuevo representante de Caprica, y Cally descubre la horrible verdad sobre su esposo Galen Tyrol. Mientras tanto, Starbuck busca sin rumbo la Tierra con Anders y otros oficiales de Galactica.

Adama considera la sugerencia de Saul y Tyrol de que la Flota debería integrar la tecnología de salto de los Cylon, ya que triplicaría la distancia que podrían cubrir antes de quedarse sin combustible. Pero la condición de los Cylon es que se les permita unirse a la Flota, por seguridad contra Cavil, que todavía está allí fuera. En última instancia, la decisión depende de la Presidenta Roslin, pero Zarek convoca al Quórum y consigue que aprueben la propuesta de que ningún Cylon pueda subir a ninguna nave colonial a menos que sea permitido por el capitán del barco. Tyrol se entera de la Dra. Cottle de que Cally hizo realizar una prueba de paternidad del niño y los resultados indicaron que Tyrol no es el padre, por lo tanto, el niño es completamente humano. Roslin comienza a recuperarse de la desesperación en la que cayó poco después de que la Flota encontrara la Tierra.