Sydney comienza a cuestionarse si su madre está intentando ayudarla o matarla. Después de entregarse a la CIA, Irina rechaza hablar con alguien que no sea su hija pero Sydney no quiere ver a su madre. Es enviada a una nueva misión para recuperar un cd-rom que contiene la información comprometida que Irina (Lena Olin ) utilizó para sus chantajes, pero algo sale mal y el disco cae en las manos equivocadas. Irina asegura que quiere ayudar Syd a recuperar el disco, y durante una tensa visita, ella explica sus motivos: derrotar Arvin Sloane, la SD-6 y la Alianza, justamente lo que Syd desea. Mientras eso ocurre, Sydney tiene que decidir si el gesto de buena voluntad de su madre es sincero o sólo una tentativa de matar a su hija. Sloane recibe informaciones de un chantajista que pueden dejar la SD-6 y que puede ser una oportunidad para descubrir los secretos de la madre de Sydney. Will ve a Francie (Merrin Dungey ) hablando con un hombre de dudosa reputación. Y Sloane se hace miembro oficial de la Alianza de los Doce.

Tras la muerte de una joven agente de la CIA, todas las sospechas recaen inmediatamente sobre su compañero y amante, el agente Jim Lennox. Sin embargo, tras ser liberado por Sydney, ella empieza a ver que entre ellos existe una conexión más estrecha al tener heridas similares y haber perdido a alquien que querían debido a su trabajo. Pero su opinión empieza a cambiar cuando Vaughn y Jack descubren que Lennox iba detrás de una tecnología que permitía a la gente cambiar su apariencia. Ahora Sydney se pregunta: ¿Es éste el verdadero Jim Lennox o su doble?.

Arvin Sloane (Ron Rifkin) y sus secuaces se desplazan a Rusia para robar a un traficante de armas la llave de la caja de seguridad que custodia un importante manuscrito de Rambaldi. La madre de Sydney, Irina Derevko (Lena Olin), considera que puede ayudar a la CIA a recuperar el manuscrito. Para ello deben dejarla en libertad y permitirle reunirse con uno de sus contactos en posición de darle el manuscrito. El plan es que Sloan quiera reunirse con Irina y comprarle el manuscrito. Cuando lo haga un equipo de Fuerza Delta le atrapará.

Todo el equipo se queda atrapado en las oficinas de la CIA y Weiss les salva. Sin embargo, Weiss ayudará a otros en una misión para obtener una información que tiene que ver con Sydney.