Marte, año 2071, poco antes del día de Halloween. Un camión cisterna lleno de productos químicos hace explosión en una de las calles más importantes de la ciudad, liberando un nuevo virus letal que acaba con la vida de cientos de personas. Las autoridades, temiendo un nuevo ataque aún más destructivo, fijan una recompensa millonaria para quien capture a los responsables. Mientras tanto, en la nave "Bebop", Spike y su banda de cazadores de recompensas están aburridos y sin dinero, hasta que conocen la noticia de la recompensa...

El prólogo de la película reconoce los eventos de Godzilla (película de 1954) (utilizando al monstruo Godzilla de 1954 en lugar de un sucesor de Godzilla), al mismo tiempo que inventa su propia línea de tiempo. Explica que el Destructor de Oxígeno nunca fue utilizado aquí y que la capital de Japón se trasladó de Tokio a Osaka. La película tiene lugar en un universo alternativo con tecnología avanzada, explicando que en 1966, Godzilla ataca la primera planta nuclear japonesa en Tokai, Ibaraki, prefectura de Ibaraki. Después de esto, los G-Graspers, una sección de las Fuerzas de Autodefensa Japonesas, se dedicaron a luchar contra Godzilla. En 1996, la energía de plasma limpia reemplazó a la energía nuclear, pero esto no impidió que Godzilla atacara. La energía de plasma también está prohibida, debido a que Godzilla atacó la energía de fusión de plasma original.